MamuSNP: a resource for Rhesus Macaque (Macaca mulatta) genomics.
MamuSNP: a resource for Rhesus Macaque (Macaca mulatta) genomics.
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MAMUSNP：一种用于恒河猴（Macaca Mulatta）基因组学的资源。
DOI：
10.1371/journal.pone.0000438
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发表时间：
2007-05-09
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Smith, David Glenn
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Malhi, Ripan S.;Sickler, Brad;Lin, Dawei;Satkoski, Jessica;Tito, Raul Y.;George, Debbie;Kanthaswamy, Sreetharan;Smith, David Glenn
我们开发了一种新的方法来鉴定广泛分布在基因组的编码和非编码区域的snp。该方法采用大规模平行焦磷酸测序技术与生物信息学工具相结合。我们用这种方法在整个猕猴基因组中产生了大约23000个候选snp。我们估计，超过60%的snp将是高频的，可用于定位qtl、遗传管理和个体亲缘关系的研究，而其他频率较低的snp可能是有用的，作为群体特定的祖先鉴定标记。我们创建了一个名为MamuSNP的网络资源，用于在线查看snp和相关信息。这一资源对研究人员在研究中使用各种各样的猕猴物种也很有用。
We developed a novel method for identifying SNPs widely distributed throughout the coding and non-coding regions of a genome. The method uses large-scale parallel pyrosequencing technology in combination with bioinformatics tools. We used this method to generate approximately 23,000 candidate SNPs throughout the Macaca mulatta genome. We estimate that over 60% of the SNPs will be of high frequency and useful for mapping QTLs, genetic management, and studies of individual relatedness, whereas other less frequent SNPs may be useful as population specific markers for ancestry identification. We have created a web resource called MamuSNP to view the SNPs and associated information online. This resource will also be useful for researchers using a wide variety of Macaca species in their research.
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影响因子：
56.9
作者：
Noonan, James P.;Coop, Graham;Rubin, Edward M.
通讯作者：
Rubin, Edward M.
影响因子：
56.9
作者：
Gibbs, Richard A.;Rogers, Jeffrey;Zwieg, Ann S.
通讯作者：
Zwieg, Ann S.
影响因子：
56.9
作者：
Hernandez, Ryan D.;Hubisz, Melissa J.;Bustamante, Carlos D.
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Bustamante, Carlos D.
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作者：
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通讯作者：
Smith, DG
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作者：
Altschul, SF;Madden, TL;Lipman, DJ
通讯作者：
Lipman, DJ