Pathway collages: personalized multi-pathway diagrams.
Pathway collages: personalized multi-pathway diagrams.
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途径拼贴：个性化的多条道图。
DOI：
10.1186/s12859-016-1382-1
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发表时间：
2016-12-13
影响因子：
3
通讯作者：
Karp PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paley S;O'Maille PE;Weaver D;Karp PD
代谢途径图是一个经典的方式可视化一个连锁级联的生化反应。然而，要了解某些生化情况，查看单个途径是不够的，而查看整个代谢网络会导致信息过载。我们如何使科学家能够快速构建个性化的多途径图，描绘所需的相互作用的途径，强调特定的途径相互作用的集合？我们定义的软件，用于构建个性化的多路径图称为路径拼贴使用手动和自动布局的组合。用户从路径/基因组数据库中为拼贴指定一组感兴趣的路径。各个路径的布局由Pathway Tools软件生成，并发送到使用Cytoscape. js实现的JavaScript Pathway Collage应用程序。该应用程序允许用户重新定位通路;定义通路之间的连接;改变视觉风格参数;并将代谢组学，基因表达和反应通量数据绘制到拼贴上以获得所需的多通路图。我们展示了在两个应用领域中使用的途径胶原蛋白：病原体药物反应的代谢组学研究，和大肠杆菌代谢模型。路径拼贴使个性化的多路径图的轻松构建成为可能。
Metabolic pathway diagrams are a classical way of visualizing a linked cascade of biochemical reactions. However, to understand some biochemical situations, viewing a single pathway is insufficient, whereas viewing the entire metabolic network results in information overload. How do we enable scientists to rapidly construct personalized multi-pathway diagrams that depict a desired collection of interacting pathways that emphasize particular pathway interactions? We define software for constructing personalized multi-pathway diagrams called pathway-collages using a combination of manual and automatic layouts. The user specifies a set of pathways of interest for the collage from a Pathway/Genome Database. Layouts for the individual pathways are generated by the Pathway Tools software, and are sent to a Javascript Pathway Collage application implemented using Cytoscape.js. That application allows the user to re-position pathways; define connections between pathways; change visual style parameters; and paint metabolomics, gene expression, and reaction flux data onto the collage to obtain a desired multi-pathway diagram. We demonstrate the use of pathway collages in two application areas: a metabolomics study of pathogen drug response, and an Escherichia coli metabolic model. Pathway collages enable facile construction of personalized multi-pathway diagrams.
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影响因子：
14.9
作者：
Hu Z;Chang YC;Wang Y;Huang CL;Liu Y;Tian F;Granger B;Delisi C
通讯作者：
Delisi C
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
通讯作者：
Ideker T
影响因子：
--
作者：
Weaver DS;Keseler IM;Mackie A;Paulsen IT;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
影响因子：
9.5
作者：
Karp, Peter D.;Latendresse, Mario;Caspi, Ron
通讯作者：
Caspi, Ron
iPath2.0：交互式路径浏览器。
影响因子：
14.9
作者：
Yamada T;Letunic I;Okuda S;Kanehisa M;Bork P
通讯作者：
Bork P