PUMA2--grid-based high-throughput analysis of genomes and metabolic pathways.
PUMA2--grid-based high-throughput analysis of genomes and metabolic pathways.
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DOI：
10.1093/nar/gkj095
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
D'Souza, Mark
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Maltsev, Natalia;Glass, Elizabeth;Sulakhe, Dinanath;Rodriguez, Alexis;Syed, Mustafa H.;Bompada, Tanuja;Zhang, Yi;D'Souza, Mark
PUMA 2系统（可在上获得）是一个交互式的集成生物信息学环境，用于高通量遗传序列分析和序列数据的代谢重建。PUMA 2提供了一个框架，用于在分类学和表型信息的背景下对基因组数据和代谢网络进行比较和进化分析。网格基础设施用于执行计算密集型任务。PUMA2目前包含213个原核生物、22个真核生物、650个线粒体和1493个病毒基因组的预计算分析，以及超过200种生物的自动代谢重建。基因组数据用来自>20个序列、结构和代谢数据库和本体的整合信息进行注释。PUMA2支持自动化和交互式专家驱动的基因组注释，使用各种公开的生物信息学工具。它还包含一套独特的PUMA 2工具，用于基因功能的自动分配，蛋白质家族的进化分析和代谢途径的比较分析。PUMA 2允许用户提交批次序列数据，用于自动功能分析和代谢模型的构建。这些分析的结果可供PUMA 2环境中的用户用于进一步的交互式序列分析和注释。
The PUMA2 system (available at ) is an interactive, integrated bioinformatics environment for high-throughput genetic sequence analysis and metabolic reconstructions from sequence data. PUMA2 provides a framework for comparative and evolutionary analysis of genomic data and metabolic networks in the context of taxonomic and phenotypic information. Grid infrastructure is used to perform computationally intensive tasks. PUMA2 currently contains precomputed analysis of 213 prokaryotic, 22 eukaryotic, 650 mitochondrial and 1493 viral genomes and automated metabolic reconstructions for >200 organisms. Genomic data is annotated with information integrated from >20 sequence, structural and metabolic databases and ontologies. PUMA2 supports both automated and interactive expert-driven annotation of genomes, using a variety of publicly available bioinformatics tools. It also contains a suite of unique PUMA2 tools for automated assignment of gene function, evolutionary analysis of protein families and comparative analysis of metabolic pathways. PUMA2 allows users to submit batch sequence data for automated functional analysis and construction of metabolic models. The results of these analyses are made available to the users in the PUMA2 environment for further interactive sequence analysis and annotation.
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