De novo assembly and transcriptome analysis of contrasting sugarcane varieties.
De novo assembly and transcriptome analysis of contrasting sugarcane varieties.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0088462
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Vicentini R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cardoso-Silva CB;Costa EA;Mancini MC;Balsalobre TW;Canesin LE;Pinto LR;Carneiro MS;Garcia AA;de Souza AP;Vicentini R
甘蔗是一种重要的作物，也是糖和酒精的主要来源。在这项研究中，我们进行了从头组装和转录组注释的六个甘蔗基因型参与双亲杂交。使用使用Illumina RNA-Seq平台产生的短读段进行甘蔗转录组的从头组装。我们产生了超过4亿个读段，它们被组装成72，269个unigenes。基于相似性搜索，unigenes显示出与超过28，788种高粱蛋白质的显著相似性，包括一组在公共甘蔗EST数据库中不存在的5，272个unigenes;这些unigenes中的许多可能是推定的未描述的甘蔗基因。从这些单一基因中，鉴定了大量的分子标记，包括5，106个简单序列重复（SSR）和708，125个单核苷酸多态性（SNP）。这一新的数据集将成为该物种未来遗传和基因组研究的有用资源。
Sugarcane is an important crop and a major source of sugar and alcohol. In this study, we performed de novo assembly and transcriptome annotation for six sugarcane genotypes involved in bi-parental crosses. The de novo assembly of the sugarcane transcriptome was performed using short reads generated using the Illumina RNA-Seq platform. We produced more than 400 million reads, which were assembled into 72,269 unigenes. Based on a similarity search, the unigenes showed significant similarity to more than 28,788 sorghum proteins, including a set of 5,272 unigenes that are not present in the public sugarcane EST databases; many of these unigenes are likely putative undescribed sugarcane genes. From this collection of unigenes, a large number of molecular markers were identified, including 5,106 simple sequence repeats (SSRs) and 708,125 single-nucleotide polymorphisms (SNPs). This new dataset will be a useful resource for future genetic and genomic studies in this species.
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