Visualization and analysis of mRNA molecules using fluorescence in situ hybridization in Saccharomyces cerevisiae.
Visualization and analysis of mRNA molecules using fluorescence in situ hybridization in Saccharomyces cerevisiae.
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DOI：
10.3791/50382
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发表时间：
2013-06-14
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Botstein D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McIsaac RS;Silverman SJ;Parsons L;Xu P;Briehof R;McClean MN;Botstein D
荧光原位杂交（FISH）方法允许检测天然细胞环境中的核酸。在这里，我们提供了一个协议，使用荧光原位杂交来量化的mRNA在单个酵母细胞的数量。细胞可以在任何感兴趣的条件下生长，然后固定并使其具有渗透性。随后，使用与荧光染料缀合的多个单链脱氧寡核苷酸来标记和可视化mRNA。使用斑点检测算法定量来自单个mRNA分子的衍射限制荧光，以鉴定和计数每个细胞的mRNA数量。虽然北方印迹、RT-PCR和基因表达微阵列等更标准的定量方法提供了大量群体中平均mRNA的信息，但FISH有助于以单分子分辨率对单细胞中这些mRNA进行计数和定位。
The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for using FISH to quantify the number of mRNAs in single yeast cells. Cells can be grown in any condition of interest and then fixed and made permeable. Subsequently, multiple single-stranded deoxyoligonucleotides conjugated to fluorescent dyes are used to label and visualize mRNAs. Diffraction-limited fluorescence from single mRNA molecules is quantified using a spot-detection algorithm to identify and count the number of mRNAs per cell. While the more standard quantification methods of northern blots, RT-PCR and gene expression microarrays provide information on average mRNAs in the bulk population, FISH facilitates both the counting and localization of these mRNAs in single cells at single-molecule resolution.
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影响因子：
64.5
作者：
Trcek T;Larson DR;Moldón A;Query CC;Singer RH
通讯作者：
Singer RH
影响因子：
48
作者：
Lubeck, Eric;Cai, Long
通讯作者：
Cai, Long
影响因子：
48
作者：
Raj, Arjun;van den Bogaard, Patrick;Rifkin, Scott A.;van Oudenaarden, Alexander;Tyagi, Sanjay
通讯作者：
Tyagi, Sanjay
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3.4
作者：
Thompson, RE;Larson, DR;Webb, WW
通讯作者：
Webb, WW
DOI：
10.1073/pnas.1002422107
发表时间：
2010-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Silverman, Sanford J.;Petti, Allegra A.;Botstein, David
通讯作者：
Botstein, David