Extension of the viral ecology in humans using viral profile hidden Markov models.
Extension of the viral ecology in humans using viral profile hidden Markov models.
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使用病毒剖面隐藏的马尔可夫模型在人类中的病毒生态扩展。
DOI：
10.1371/journal.pone.0190938
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Dillner J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bzhalava Z;Hultin E;Dillner J
当对人类样本进行测序时，许多组装的重叠群是"未知的"，因为常规比对发现与已知序列没有相似性。隐马尔可夫模型（HMM）利用不同微生物中蛋白质编码密码子中特定核苷酸的位置。算法HMMER 3使用编码病毒蛋白质的参考序列集"vFam"实现HMM。我们使用HMMER 3分析"未知"人类样本衍生序列，并鉴定了510个与病毒远缘的重叠群（指环病毒科（n = 1），杆状病毒科（n = 34），圆环病毒科（n = 35），花椰菜花叶病毒科（n = 3），梭状病毒科（n = 5），双生病毒科（n = 21），疱疹病毒科（n = 10），虹彩病毒科（n = 12），马赛病毒（n = 26）、微小病毒科（n = 80）、藻DNA病毒科（n = 165）、痘病毒科（n = 23）、逆转录病毒科（n = 6）和89个与所描述的病毒相关的重叠群，尚未分配到任何分类科）。总之，我们发现使用HMMER 3算法和"vFam"数据库的分析极大地扩展了对人类生物标本中病毒的检测。
When human samples are sequenced, many assembled contigs are “unknown”, as conventional alignments find no similarity to known sequences. Hidden Markov models (HMM) exploit the positions of specific nucleotides in protein-encoding codons in various microbes. The algorithm HMMER3 implements HMM using a reference set of sequences encoding viral proteins, “vFam”. We used HMMER3 analysis of “unknown” human sample-derived sequences and identified 510 contigs distantly related to viruses (Anelloviridae (n = 1), Baculoviridae (n = 34), Circoviridae (n = 35), Caulimoviridae (n = 3), Closteroviridae (n = 5), Geminiviridae (n = 21), Herpesviridae (n = 10), Iridoviridae (n = 12), Marseillevirus (n = 26), Mimiviridae (n = 80), Phycodnaviridae (n = 165), Poxviridae (n = 23), Retroviridae (n = 6) and 89 contigs related to described viruses not yet assigned to any taxonomic family). In summary, we find that analysis using the HMMER3 algorithm and the “vFam” database greatly extended the detection of viruses in biospecimens from humans.
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棕色藻类硅藻的基因组包含一系列病毒DNA碎片，表明与大型DSDNA病毒的古老关联。
影响因子：
3.4
作者：
Delaroque, Nicolas;Boland, Wilhelm
通讯作者：
Boland, Wilhelm
古老的病毒世界和细胞的进化。
影响因子：
5.5
作者：
Koonin, Eugene V.;Senkevich, Tatiana G.;Dolja, Valerian V.
通讯作者：
Dolja, Valerian V.
影响因子：
5.6
作者：
KROGH, A;BROWN, M;HAUSSLER, D
通讯作者：
HAUSSLER, D
DOI：
10.1073/pnas.1110889108
发表时间：
2011-10-18
影响因子：
11.1
作者：
Arslan, Defne;Legendre, Matthieu;Claverie, Jean-Michel
通讯作者：
Claverie, Jean-Michel
影响因子：
3.7
作者：
Foulongne, Vincent;Sauvage, Virginie;Eloit, Marc
通讯作者：
Eloit, Marc