In vivo and transcriptome-wide identification of RNA binding protein target sites.
In vivo and transcriptome-wide identification of RNA binding protein target sites.
复制标题
DOI：
10.1016/j.molcel.2011.11.009
复制
发表时间：
2011-12-09
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Rajewsky, Nikolaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jungkamp, Anna-Carina;Stoeckius, Marlon;Mecenas, Desirea;Gruen, Dominic;Mastrobuoni, Guido;Kempa, Stefan;Rajewsky, Nikolaus
动物mrna受数百种RNA结合蛋白（rbp）的调控。RBP靶点的识别对于了解其功能至关重要。最近的一种方法，PAR-CLIP，使用光反应性核苷在免疫沉淀之前将rbp交联到细胞中的靶rna上。在这里，我们建立了iPAR-CLIP（体内PAR-CLIP），以核苷酸分辨率确定秀丽隐杆线虫中保守的种系特异性翻译抑制因子GLD-1的转录组范围结合位点。我们鉴定了439个可重复的目标mrna，并证明了iPAR-CLIP在目标检测方面具有良好的动态范围。在GLD-1敲除后，439个靶点的蛋白而非mRNA表达特异性上调，显示出功能性。最后，我们在靶基因的起始密码子附近发现了高度保守的GLD-1结合位点。这些位点在体外具有功能，在体内可能具有强烈的抑制作用。我们提出GLD-1与起始密码子附近的翻译机制相互作用，这是真核生物中迄今未知的基因调控模式。
Animal mRNAs are regulated by hundreds of RNA binding proteins (RBPs). The identification of RBP targets is crucial for understanding their function. A recent method, PAR-CLIP, uses photoreactive nucleosides to crosslink RBPs to target RNAs in cells prior to immunoprecipitation. Here, we establish iPAR-CLIP (in vivo PAR-CLIP) to determine, at nucleotide resolution, transcriptome-wide binding sites of GLD-1, a conserved, germline-specific translational repressor in C. elegans. We identified 439 reproducible target mRNAs and demonstrate an excellent dynamic range of target detection by iPAR-CLIP. Upon GLD-1 knockdown, protein but not mRNA expression of the 439 targets was specifically upregulated, demonstrating functionality. Finally, we discovered strongly conserved GLD-1 binding sites nearby the start codon of target genes. These sites are functional in vitro and likely confer strong repression in vivo. We propose that GLD-1 interacts with the translation machinery nearby the start codon, a so far unknown mode of gene regulation in eukaryotes.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
通讯作者：
Dieterich C
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
16
作者：
Mukherjee N;Corcoran DL;Nusbaum JD;Reid DW;Georgiev S;Hafner M;Ascano M Jr;Tuschl T;Ohler U;Keene JD
通讯作者：
Keene JD
影响因子：
48
作者：
Pepke, Shirley;Wold, Barbara;Mortazavi, Ali
通讯作者：
Mortazavi, Ali
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--