Decisive data sets in phylogenomics: lessons from studies on the phylogenetic relationships of primarily wingless insects.
Decisive data sets in phylogenomics: lessons from studies on the phylogenetic relationships of primarily wingless insects.
复制标题
DOI：
10.1093/molbev/mst196
复制
发表时间：
2014-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Misof B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dell'Ampio E;Meusemann K;Szucsich NU;Peters RS;Meyer B;Borner J;Petersen M;Aberer AJ;Stamatakis A;Walzl MG;Minh BQ;von Haeseler A;Ebersberger I;Pass G;Misof B
主要是无翼昆虫的系统发育关系仍被认为是未解决的。即使是解决这一问题的最全面的系统基因组学研究也没有得出一致的结果。为了掌握这些问题，我们在这里通过使用扩展的转录组数据集分析了这些系统基因组研究中不一致的来源。我们的分析表明，尽管没有系统发育信号，但不均匀分布的缺失数据可能会通过膨胀节点支持度而严重误导。因此，只应该使用决定性的数据集，这些数据集只包括包含其关系被处理的所有分类群的数据块。此外，我们使用四聚类似然映射(FcLM)来度量数据集基因之间的一致性程度，作为替代Bootstrap的支持度的度量。FcLM显示基因之间的信号不一致，在我们的案例中，这既不与这些基因的功能类分配相关，也与由于未分割分析而导致的模型错误指定无关。本文分析的数据集是目前最大的数据集，主要涵盖了无翼昆虫，但未能阐明它们之间的系统发育关系。尽管从系统发育的角度来看，这并不令人满意，但我们试图表明，对系统发育数据中的结构和信号的分析可以保护我们免受由于分析人工制品而产生的有偏见的系统发育推断。
Phylogenetic relationships of the primarily wingless insects are still considered unresolved. Even the most comprehensive phylogenomic studies that addressed this question did not yield congruent results. To get a grip on these problems, we here analyzed the sources of incongruence in these phylogenomic studies by using an extended transcriptome data set. Our analyses showed that unevenly distributed missing data can be severely misleading by inflating node support despite the absence of phylogenetic signal. In consequence, only decisive data sets should be used which exclusively comprise data blocks containing all taxa whose relationships are addressed. Additionally, we used Four-cluster Likelihood Mapping (FcLM) to measure the degree of congruence among genes of a data set, as a measure of support alternative to bootstrap. FcLM showed incongruent signal among genes, which in our case is correlated neither with functional class assignment of these genes nor with model misspecification due to unpartitioned analyses. The herein analyzed data set is the currently largest data set covering primarily wingless insects, but failed to elucidate their interordinal phylogenetic relationships. Although this is unsatisfying from a phylogenetic perspective, we try to show that the analyses of structure and signal within phylogenomic data can protect us from biased phylogenetic inferences due to analytical artifacts.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
10.7
作者：
Minh BQ;Nguyen MA;von Haeseler A
通讯作者：
von Haeseler A
影响因子：
2
作者：
Dallai, Romano;Mercati, David;Frati, Francesco
通讯作者：
Frati, Francesco
影响因子：
6.8
作者：
AKAIKE, H
通讯作者：
AKAIKE, H
影响因子：
0.9
作者：
Gao, Yan;Bu, Yun;Luan, Yun-Xia
通讯作者：
Luan, Yun-Xia