Anwendungsorientierte Indexstrukturen für Approximate Pattern Matching

在许多信息学中（在生物信息学中），文本的效率取决于文字或集合。在这方面，法律或遗传变异也是一个很重要的问题，因为它并不只是一个例子，而是一个很好的例子，它使特雷弗韦尔登。这是一个近似模式匹配问题。Bei den Lösungsansätzen klafft eine greße Lücke zwischen Theorie und Praxis，die mit diesem Projekt geschlossen韦尔登soll，unter Anwendung des gesamten Spektrums des Eschem-Engineering-Prozesses. In der ersten Förderperiode haben wir daher einen Instanzgenerator für reale und synthetische Testdaten entworfen und implementiert，sowie testimen und Datenstrukturen für fehlertolerante Mustersuche implementiert. In der folgenden Förderperiode韦尔登die versedenartigen Ansätze systematisch experimentell untersucht und verglichen.这些数据和数据结构可以在一个图书馆里找到，里面有一个独立的小盒子。您可以在Hinblick中找到符合Gesichtspunkte要求的工作和优化韦尔登：Cache-Effizienz，Verhalten im Sekundärspeicher sowie verteilte Datenstrukturen。该图书馆也同样需要科学家有效地进行测试，以确保更好的耐受性，并以索引为基础进行测试。在人类基因组中，基因组中的基因组是最重要的，它在基因组中的作用是最重要的，或者是在基因组中的剽窃。

In vielen Anwendungen der Informatik (insbesondere in der Bioinformatik) ist es erforderlich, in Texten effizient nach den Vorkommen eines Teilwortes oder Musters zu suchen. Um beispielsweise auch Rechtschreibfehler oder Genmutationen zu berücksichtigen, ist es oft außerdem notwendig, dass nicht nur exakte, sondern fehlerbehaftete Treffer gefunden werden. Diese Problemstellung heißt Approximate Pattern Matching. Bei den Lösungsansätzen klafft eine große Lücke zwischen Theorie und Praxis, die mit diesem Projekt geschlossen werden soll, unter Anwendung des gesamten Spektrums des Algorithm-Engineering-Prozesses. In der ersten Förderperiode haben wir daher einen Instanzgenerator für reale und synthetische Testdaten entworfen und implementiert, sowie Algorithmen und Datenstrukturen für fehlertolerante Mustersuche implementiert. In der folgenden Förderperiode werden die verschiedenartigen Ansätze systematisch experimentell untersucht und verglichen. Die Algorithmen und Datenstrukturen werden dabei in einer Algorithmenbibliothek mit einer einheitlichen Schnittstelle zusammengefasst. Sie sollen insbesondere im Hinblick auf folgende Gesichtspunkte entworfen und optimiert werden: Cache-Effizienz, Verhalten im Sekundärspeicher sowie verteilte Datenstrukturen. Die Algorithmenbibliothek soll auch anderen Wissenschaftlern effiziente Verfahren zur fehlertoleranten, indexbasierten Mustersuche zur Verfügung stellen. Anwendungen sind beispielsweise das Suchen von Genen im menschlichen Genom, die mit Krankheiten in Verbindung stehen, oder auch die Plagiatserkennung bei Dokumenten.