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Innovative genomics and metagenomics of environmental bacteria able to degrade organic pollutants

Innovative genomics and metagenomics of environmental bacteria able to degrade organic pollutants
能够降解有机污染物的环境细菌的创新基因组学和宏基因组学
批准号:
17018003
负责人:
TSUDA Masataka
金额:
$69.89万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份:
2005
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2005 至 2009

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
环境细菌能够降解各种顽固性和外源化合物,在有机污染物的去除中起着重要作用。为了了解这些细菌在其原生生态位中的生存和增殖策略,我们在基因组水平上利用两个系统发育遥远的菌株鉴定了对土壤环境中生存和特异性诱导非常重要的遗传位点。宏基因组分析还阐明了土壤中细菌种群对有机污染物暴露的反应模式。
英文摘要
Environmental bacteria able to degrade various recalcitrant and xenobiotic compounds play important roles in the removal of organic pollutants. To know the survival and proliferation strategies of such bacteria in their native niche, the genetic loci very important in the survival and specifically induced in the soil environment were identified at the genomic levels using two phylogentically distant strains. Metagenomic analysis was also conducted to clarify the mode how the bacterial population in the soil responded to the exposure of organic pollutants.
期刊论文(224)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcherの紹介
基因组分析软件GenomeMatcher简介
DOI: --
发表时间: 2010
期刊: 化学と生物
影响因子: --
作者: [井上裕介, 英知, 樋口豪紀, 井上博紀, 高砂拓志, 萩原克郎, 丹治保典, 永幡肇, 田村豊, 横田博, 大坪嘉行]
通讯作者: 大坪嘉行
DOI: 10.1016/j.plasmid.2008.08.001
发表时间: 2008-11
期刊: Plasmid
影响因子: 2.6
作者: [Roberts AP, Chandler M, Courvalin P, Guédon G, Mullany P, Pembroke T, Rood JI, Smith CJ, Summers AO, Tsuda M, Berg DE]
通讯作者: Berg DE
Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics.
中索根瘤菌中签名标记的突变体库的构建作为功能基因组学的强大工具。
DOI: --
发表时间: 2008
期刊: DNA Research 15
影响因子: --
作者: [Shimoda, Y.]
通讯作者: Y.
比較ゲノム学から読み解く生命システム(土壌環境細菌の比較ゲノム)
通过比较基因组学破译生命系统(土壤环境细菌的比较基因组)
DOI: --
发表时间: 2007
期刊:
影响因子: --
作者: [津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行]
通讯作者: 大坪嘉行
共 188 条
    Bacterial genetic determinants that control horizontal transfer of genes for degradation of environmental pollutants
    • 批准号:
      23658268
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额:
      $2.5万
    • 财政年份:
      2011
    • 负责人:
      TSUDA Masataka
    • 依托单位:
    Response of soil microbial community to exposure of environmental pollutants
    • 批准号:
      22380176
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $11.65万
    • 财政年份:
      2010
    • 负责人:
      TSUDA Masataka
    • 依托单位:
    Horizontal transfer of bacterial genes for degradation of environmental pollutants
    • 批准号:
      18380189
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $10.92万
    • 财政年份:
      2006
    • 负责人:
      TSUDA Masataka
    • 依托单位:
    Identification and characterizatioon of mobile genetic elements carrying xenobiotics-degrading genes from soil bacteria
    • 批准号:
      12558065
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $8.26万
    • 财政年份:
      2000
    • 负责人:
      TSUDA Masataka
    • 依托单位:
    国内基金
    海外基金
    食细菌线虫多样性对土壌碳氮矿化功能的驱动作用与机制
    • 批准号:
      42467037
    • 项目类别:
      地区科学基金项目
    • 资助金额:
      30万元
    • 批准年份:
      2024
    • 负责人:
      胡宁
    • 依托单位:
    顾及复杂地形和植被的山地土壌水分主动微波遥感反演方法研究
    • 批准号:
      42401464
    • 项目类别:
      青年科学基金项目
    • 资助金额:
      30万元
    • 批准年份:
      2024
    • 负责人:
      樊东
    • 依托单位:
    稀有微生物在生姜抑病型土壌中的免疫机制研究
    • 批准号:
      32402677
    • 项目类别:
      青年科学基金项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2024
    • 负责人:
      乔策策
    • 依托单位: