Rechnergestützte phylogenetische Analyse großer genomischer Abschnitte

(Wortlaut Des Antrags)在Diesem Projekt Sollen Effiziente计算机基础上分析生物学家Sequenzen entwickelt。我将在一个PUZZLE程序中使用DEM，并实现四个基本的拼图Verfahrens zur Baumberechnung，aufgebaut。PPUZZLE Ermöglicht Die Analyst Sehr Groüer Datensätze.在Verbindung MIT和im Projekt Enwickelten‘滑动窗口’-Technik zur分析von Rekombinationsereignissen in Virusgenomen eingesetzt是唯一的。这是一条新艺术的路线，也是一条新的路线。在此之前，我们对S的观点进行了分析，并对其进行了研究。在所有的设计项目中，所有的方法都是在普遍存在的情况下进行的，因此，在Zugänglichen(P)Putle Software VerfüGBAR geacht中，分析和组织者的遗传物质是könnnen and im Rahman der allgemat。

(Wortlaut des Antrags)In diesem Projekt sollen effiziente computerbasierte Methoden zur phylogenetischen Analyse biologischer Sequenzen entwickelt werden. Hierbei wird auf dem in der ersten Förderperiode entwickelten Programm pPUZZLE, einer parallelen Implementierung des quartettbasierten PUZZLE Verfahrens zur Baumberechnung, aufgebaut. pPUZZLE ermöglicht die Analyse sehr großer Datensätze. Dies soll in Verbindung mit der im Projekt entwickelten 'sliding-window'-Technik zur Analyse von Rekombinationsereignissen in Virusgenomen eingesetzt werden. Die hierbei durchzuführende Stammbaumberechnung für viele Alignments führt auch zu einer neuen Art, unabhängige Alignments zur Rekonstruktion eines gemeinsamen Stammbaums zu nutzen. Wegen des großen Bedarfs an Analyse von Säugetiersequenzen sollen diese mit einer solchen neuen Methode vorrangig studiert werden. Alle in diesem Projekt entwickelten Methoden werden aber trotzdem universell einsetzbar sein, so daß sie zur Analyse anderer biologischer Organismen herangezogen werden können und im Rahmen der allgemein zugänglichen (p)PUZZLE Software verfügbar gemacht werden.