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Entwicklung eines impliziten Membran-Modells und Monte Carlo Algorithmus für die Simulation der Faltung von Membran-Proteinen

Entwicklung eines impliziten Membran-Modells und Monte Carlo Algorithmus für die Simulation der Faltung von Membran-Proteinen
开发隐式膜模型和蒙特卡罗算法来模拟膜蛋白的折叠
批准号:
5446174
负责人:
Dr. Jakob P. Ulmschneider
金额:
$0.0万
依托单位:
依托单位国家:
德国
项目类别:
Emmy Noether International Fellowships
财政年份:
2005
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2004-12-31 至 2007-12-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
这是一种研究方法,通过模拟和分析,可以详细地了解膜蛋白的原子化过程。膜蛋白不仅仅是人类基因组中的一种蛋白质,它也是一个由多种药物组成的强大的Zielgruppe,它具有调节Zelle的功能。从实验上看,只有80种膜蛋白结构才能形成。Daraus ergibt sich die dringleit Notwendigkeit für theoretische and computergestützte Forschung,die eine große Herausforderung darstelt.Um den Faltungsprozess im Computer realistisch modelieren zu könnnen,is es unabdingbar,das komplizierte Lipid-Membran Umfeld des Proteins implicit darzustellen.这是由Verallgemeinerten-Born方法帮助的韦尔登。这个方法是z.Z.因此,我们可以将小球体的蛋白质转化为小球体的蛋白质。In Rahmen des Forschungsvorhabens wird sie erweitert韦尔登,um sowohl瓦塞尔als auch Lipid- Moleküle implizit,d.h. in Form eines eelektrischen Kontinuums von variabler Dichte und Dielektrizität darzustellen.在接下来的一段时间里,我将这个隐含的膜从我的一个新的蒙特卡洛协调骨干旋转模型中提取出来,该模型是完整的韦尔登。在此基础上,采用Verallgemeinerten-Born方法,我发现了一种小分子多肽。Die Combination mit einer impliciten Darstellung der Membran wird es ermöglichen,den Faltungsprozess von Membran-Proteinen auf atomarer Ebene zu simulieren and auf diese Weise unser Verständnis von Membran-Proteinen grundlegend zu verbessern.这种方法可以在大坚果的医疗保健领域中产生韦尔登。
英文摘要
Ziel des Forschungsvorhabens ist es, den Faltungsprozess von Membran-Proteinen auf atomarer Ebene detailgetreu zu simulieren und zu analysieren. Membran-Proteine stellen nicht nur ein Drittel der im menschlichen Genom kodierten Proteine, sie sind auch eine wichtige Zielgruppe für eine Vielzahl von Medikamenten, da sie lebensnotwendige Funktionen der Zelle regulieren. Aufgrund von enormen experimentellen Schwierigkeiten sind zur Zeit nur etwa 80 Membran-Protein Strukturen bekannt. Daraus ergibt sich die dringende Notwendigkeit für theoretische und computergestützte Forschung, die eine große Herausforderung darstellt.Um den Faltungsprozess im Computer realistisch modellieren zu können, ist es unabdingbar, das komplizierte Lipid-Membran Umfeld des Proteins implizit darzustellen. Dies soll mit Hilfe der Verallgemeinerten-Born Methode bewerkstelligt werden. Diese Methode wird z.Z. erfolgreich zur Faltung von kleinen globulären Proteinen eingesetzt. Im Rahmen des Forschungsvorhabens wird sie erweitert werden, um sowohl Wasser als auch Lipid- Moleküle implizit, d.h. in Form eines elektrischen Kontinuums von variabler Dichte und Dielektrizität darzustellen. Im nächsten Schritt soll diese implizite Membran in einen bereits von mir entwickelten Monte Carlo Concerted Backbone Rotation Algorithmus integriert werden. Diesen Algorithmus, zusammen mit der Verallgemeinerten-Born Methode habe ich vor kurzem erfolgreich beim Falten kleiner Polypeptide verwendet. Die Kombination mit einer impliziten Darstellung der Membran wird es ermöglichen, den Faltungsprozess von Membran-Proteinen auf atomarer Ebene zu simulieren und auf diese Weise unser Verständnis von Membran-Proteinen grundlegend zu verbessern. Die sich daraus ergebenden Erkenntnisse werden im Bereich der Medikamentenentwicklung von großem Nutzen sein.
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