DarkHorse: a method for genome-wide prediction of horizontal gene transfer.
DarkHorse: a method for genome-wide prediction of horizontal gene transfer.
复制标题
DOI：
10.1186/gb-2007-8-2-r16
复制
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Gaasterland T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Podell S;Gaasterland T
DarkHorse 是一种快速、全基因组识别和水平转移候选蛋白排序的新方法。提出了一种快速、全基因组范围的水平转移候选蛋白鉴定和排序的新方法。该方法是定量的、可重复的并且计算要求不高。它可以与基因组特征和/或系统发育树构建程序相结合，以提高准确性和效率。该方法还可用于水平转移预测可靠性的回顾性评估，识别以前可能被忽视或不可用的直向同源序列。这些特征在细菌、古细菌和真核生物的例子中得到了证明。
DarkHorse is a new approach to rapid, genome-wide identification and ranking of horizontal transfer candidate proteins. A new approach to rapid, genome-wide identification and ranking of horizontal transfer candidate proteins is presented. The method is quantitative, reproducible, and computationally undemanding. It can be combined with genomic signature and/or phylogenetic tree-building procedures to improve accuracy and efficiency. The method is also useful for retrospective assessments of horizontal transfer prediction reliability, recognizing orthologous sequences that may have been previously overlooked or unavailable. These features are demonstrated in bacterial, archaeal, and eukaryotic examples.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.7
作者：
Faguy, DM
通讯作者：
Faguy, DM
影响因子：
10.7
作者：
Daubin, V;Ochman, H
通讯作者：
Ochman, H
影响因子：
3.2
作者：
Mongodin, EF;Hance, IR;Nelson, KE
通讯作者：
Nelson, KE
影响因子：
10.7
作者：
Koski, LB;Morton, RA;Golding, GB
通讯作者：
Golding, GB
DOI：
10.1073/pnas.0502035102
发表时间：
2005-05-03
影响因子：
11.1
作者：
Ochman, H;Lerat, E;Daubin, V
通讯作者：
Daubin, V