Technology dictates algorithms: recent developments in read alignment.
Technology dictates algorithms: recent developments in read alignment.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02443-7
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发表时间：
2021-08-26
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Mangul S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alser M;Rotman J;Deshpande D;Taraszka K;Shi H;Baykal PI;Yang HT;Xue V;Knyazev S;Singer BD;Balliu B;Koslicki D;Skums P;Zelikovsky A;Alkan C;Mutlu O;Mangul S
将测序读数与参考序列进行比对是大多数基因组分析管道的基本步骤。用于读取比对的计算算法已经随着技术进步而发展，导致了今天各种各样的比对方法。我们提供了107种比对方法的算法基础和方法的系统调查，无论是短阅读还是长阅读。我们提供了11个读对齐器的严格实验评估，以演示这些底层算法对读对齐的速度和效率的影响。我们讨论了一般的比对算法是如何针对生物学中各个领域的特定需求而定制的。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13059-021-02443-7查阅。
Aligning sequencing reads onto a reference is an essential step of the majority of genomic analysis pipelines. Computational algorithms for read alignment have evolved in accordance with technological advances, leading to today’s diverse array of alignment methods. We provide a systematic survey of algorithmic foundations and methodologies across 107 alignment methods, for both short and long reads. We provide a rigorous experimental evaluation of 11 read aligners to demonstrate the effect of these underlying algorithms on speed and efficiency of read alignment. We discuss how general alignment algorithms have been tailored to the specific needs of various domains in biology. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02443-7.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn565
发表时间：
2009-01-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Malhis N;Butterfield YS;Ester M;Jones SJ
通讯作者：
Jones SJ
影响因子：
3.7
作者：
Butterfield YS;Kreitzman M;Thiessen N;Corbett RD;Li Y;Pang J;Ma YP;Jones SJ;Birol İ
通讯作者：
Birol İ
影响因子：
30.8
作者：
Alkan, Can;Kidd, Jeffrey M.;Marques-Bonet, Tomas;Aksay, Gozde;Antonacci, Francesca;Hormozdiari, Fereydoun;Kitzman, Jacob O.;Baker, Carl;Malig, Maika;Mutlu, Onur;Sahinalp, S. Cenk;Gibbs, Richard A.;Eichler, Evan E.
通讯作者：
Eichler, Evan E.
影响因子：
14.9
作者：
Ahmadi A;Behm A;Honnalli N;Li C;Weng L;Xie X
通讯作者：
Xie X
影响因子：
48
作者：
Baruzzo G;Hayer KE;Kim EJ;Di Camillo B;FitzGerald GA;Grant GR
通讯作者：
Grant GR