Genome analysis of the rice coral Montipora capitata
Genome analysis of the rice coral Montipora capitata
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稻珊瑚 Montipora Capitalata 的基因组分析
DOI：
10.1038/s41598-019-39274-3
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发表时间：
2019
影响因子：
4.6
通讯作者：
Bhattacharya, Debashish
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shumaker, Alexander;Putnam, Hollie M.;Qiu, Huan;Price, Dana C.;Zelzion, Ehud;Harel, Arye;Wagner, Nicole E.;Gates, Ruth D.;Yoon, Hwan Su;Bhattacharya, Debashish
珊瑚包括生物矿化刺胞菌、鞭毛藻共生体以及相关的原核生物和病毒微生物群。通过识别主要的应激反应途径，从而为选择抗性基因型奠定基础，从而保护珊瑚礁的持续努力依赖于强大的基因组基础。在这里，我们生成并分析了来自夏威夷Montipora capitata稻珊瑚的高质量长读核基因组组装和转录组数据，这些核基因组组装和转录组数据为886mbp。我们的工作提供了对珊瑚基因组结构的见解，并显示了它们在大小和基因清单上的差异，这可能是由于种群大小的变化。我们描述了最近一个通过细菌基因转移剂获得外源基因的例子，并说明了胁迫反应的主要途径，可以用来预测m.c capitata转录网络的调控成分。这些基因组资源为了解这些无根的、长寿的物种在自然和人类影响的环境中的适应潜力提供了见解，并促进了旨在夏威夷珊瑚礁恢复和保护的功能和种群基因组研究。
Corals comprise a biomineralizing cnidarian, dinoflagellate algal symbionts, and associated microbiome of prokaryotes and viruses. Ongoing efforts to conserve coral reefs by identifying the major stress response pathways and thereby laying the foundation to select resistant genotypes rely on a robust genomic foundation. Here we generated and analyzed a high quality long-read based ~886 Mbp nuclear genome assembly and transcriptome data from the dominant rice coral,Montipora capitatafrom Hawai’i. Our work provides insights into the architecture of coral genomes and shows how they differ in size and gene inventory, putatively due to population size variation. We describe a recent example of foreign gene acquisition via a bacterial gene transfer agent and illustrate the major pathways of stress response that can be used to predict regulatory components of the transcriptional networks inM.capitata. These genomic resources provide insights into the adaptive potential of these sessile, long-lived species in both natural and human influenced environments and facilitate functional and population genomic studies aimed at Hawaiian reef restoration and conservation.
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影响因子：
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作者：
Bao W;Kojima KK;Kohany O
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Kohany O
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Zdobnov, Evgeny M.
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作者：
Katoh K;Standley DM
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Wolfowicz I;Baumgarten S;Voss PA;Hambleton EA;Voolstra CR;Hatta M;Guse A
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Dani, Vincent;Priouzeau, Fabrice;Sabourault, Cecile
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