The CRAPome: a contaminant repository for affinity purification-mass spectrometry data.
The CRAPome: a contaminant repository for affinity purification-mass spectrometry data.
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DOI：
10.1038/nmeth.2557
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发表时间：
2013-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Nesvizhskii, Alexey I.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mellacheruvu, Dattatreya;Wright, Zachary;Couzens, Amber L.;Lambert, Jean-Philippe;St-Denis, Nicole A.;Li, Tuo;Miteva, Yana V.;Hauri, Simon;Sardiu, Mihaela E.;Low, Teck Yew;Halim, Vincentius A.;Bagshaw, Richard D.;Hubner, Nina C.;Al-Hakim, Abdallah;Bouchard, Annie;Faubert, Denis;Fermin, Damian;Dunham, Wade H.;Goudreault, Marilyn;Lin, Zhen-Yuan;Badillo, Beatriz Gonzalez;Pawson, Tony;Durocher, Daniel;Coulombe, Benoit;Aebersold, Ruedi;Superti-Furga, Giulio;Colinge, Jacques;Heck, Albert J. R.;Choi, Hyungwon;Gstaiger, Matthias;Mohammed, Shabaz;Cristea, Ileana M.;Bennett, Keiryn L.;Washburn, Mike P.;Raught, Brian;Ewing, Rob M.;Gingras, Anne-Claude;Nesvizhskii, Alexey I.
亲和纯化与质谱联用（AP-MS）是目前广泛使用的鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的方法。然而，对于任何给定的感兴趣的蛋白质，确定哪些鉴定的多肽代表真正的相互作用物相对于那些背景污染物（例如与固相支持物、亲和试剂或表位标签相互作用的蛋白质）是一项具有挑战性的任务。虽然标准方法是使用一个或多个阴性对照来鉴定非特异性相互作用，但大多数小规模AP-MS研究不能捕获完整、准确的背景蛋白集。幸运的是，阴性对照在很大程度上不依赖诱饵。因此，聚合来自多个AP-MS研究的阴性对照可以增加覆盖率并改善与给定实验方案相关的背景表征。在这里，我们提出了亲和纯化的污染物储存库（CRAPome），并描述了使用该资源来评分蛋白质-蛋白质相互作用。储存库（目前可用于智人和酿酒酵母）和计算工具可在www.crapome.org上免费获得。
Affinity purification coupled with mass spectrometry (AP-MS) is now a widely used approach for the identification of protein-protein interactions. However, for any given protein of interest, determining which of the identified polypeptides represent bona fide interactors versus those that are background contaminants (e.g. proteins that interact with the solid-phase support, affinity reagent or epitope tag) is a challenging task. While the standard approach is to identify nonspecific interactions using one or more negative controls, most small-scale AP-MS studies do not capture a complete, accurate background protein set. Fortunately, negative controls are largely bait-independent. Hence, aggregating negative controls from multiple AP-MS studies can increase coverage and improve the characterization of background associated with a given experimental protocol. Here we present the Contaminant Repository for Affinity Purification (the CRAPome) and describe the use of this resource to score protein-protein interactions. The repository (currently available for Homo sapiens and Saccharomyces cerevisiae) and computational tools are freely available online at www.crapome.org.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
算：一种用于提取和预处理光谱计数数据的计算工具，用于无标签的定量蛋白质组学分析。
影响因子：
3.4
作者：
Fermin, Damian;Basrur, Venkatesha;Yocum, Anastasia K.;Nesvizhskii, Alexey I.
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Nesvizhskii, Alexey I.
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Craig, R;Beavis, RC
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Beavis, RC
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Chen, Ginny I.;Gingras, Anne-Claude
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Gingras, Anne-Claude
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Kruiswijk F;Yuniati L;Magliozzi R;Low TY;Lim R;Bolder R;Mohammed S;Proud CG;Heck AJ;Pagano M;Guardavaccaro D
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Guardavaccaro D