Structural and mutational analyses of dipeptidyl peptidase 11 from Porphyromonas gingivalis reveal the molecular basis for strict substrate specificity.
Structural and mutational analyses of dipeptidyl peptidase 11 from Porphyromonas gingivalis reveal the molecular basis for strict substrate specificity.
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DOI：
10.1038/srep11151
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发表时间：
2015-06-09
影响因子：
4.6
通讯作者：
Tanaka N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sakamoto Y;Suzuki Y;Iizuka I;Tateoka C;Roppongi S;Fujimoto M;Inaka K;Tanaka H;Yamada M;Ohta K;Gouda H;Nonaka T;Ogasawara W;Tanaka N
来自牙龈卟啉单胞菌的二肽基肽酶11（PgDPP 11）属于丝氨酸肽酶的S46家族，并且优先切割P1位置处具有Asp/Glu的底物。然而，PgDPP 11的底物特异性的分子机制尚不清楚。在这里，我们报告PgDPP 11的晶体结构。该酶包含一个具有典型的双β-桶折叠的催化结构域和一个最近鉴定的调节α-螺旋结构域。晶体结构分析，对接研究和生化研究表明，Arg 673在S1亚位点的侧链是必不可少的识别的Asp/Glu侧链在P1位置的绑定基板。由于S46肽酶在哺乳动物中没有发现，并且Arg 673在DPP 11中是保守的，我们预计DPP 11可以用作抗生素的靶标。此外，目前的结构分析可能是有用的模板，从病原生物体的特异性抑制剂的设计。
The dipeptidyl peptidase 11 from Porphyromonas gingivalis (PgDPP11) belongs to the S46 family of serine peptidases and preferentially cleaves substrates with Asp/Glu at the P1 position. The molecular mechanism underlying the substrate specificity of PgDPP11, however, is unknown. Here, we report the crystal structure of PgDPP11. The enzyme contains a catalytic domain with a typical double β-barrel fold and a recently identified regulatory α-helical domain. Crystal structure analyses, docking studies, and biochemical studies revealed that the side chain of Arg673 in the S1 subsite is essential for recognition of the Asp/Glu side chain at the P1 position of the bound substrate. Because S46 peptidases are not found in mammals and the Arg673 is conserved among DPP11s, we anticipate that DPP11s could be utilised as targets for antibiotics. In addition, the present structure analyses could be useful templates for the design of specific inhibitors of DPP11s from pathogenic organisms.
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影响因子：
56.9
作者：
HOLT, SC;EBERSOLE, J;KORNMAN, KS
通讯作者：
KORNMAN, KS
DOI：
10.1107/s0907444993014350
发表时间：
1994-07-01
影响因子：
2.2
作者：
GARCIARUIZ, JM;MORENO, A
通讯作者：
MORENO, A
影响因子：
5.8
作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.
影响因子：
5.6
作者：
Hujoel, PP;Drangsholt, M;Weiss, NS
通讯作者：
Weiss, NS
影响因子：
2.8
作者：
MAYRAND, D;GRENIER, D
通讯作者：
GRENIER, D