Variability in RT-qPCR assay parameters indicates unreliable SARS-CoV-2 RNA quantification for wastewater surveillance.
Variability in RT-qPCR assay parameters indicates unreliable SARS-CoV-2 RNA quantification for wastewater surveillance.
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DOI：
10.1016/j.watres.2021.117516
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发表时间：
2021-09-15
期刊：
影响因子：
12.8
通讯作者：
Ahmed W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bivins A;Kaya D;Bibby K;Simpson SL;Bustin SA;Shanks OC;Ahmed W
由于2019冠状病毒病（COVID-19）大流行，废水监测已成为监测社区内严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）传播的重要工具。特别是，逆转录-定量PCR（RT-qPCR）已被用于生成旨在检测和定量废水中SARS-CoV-2 RNA的大型数据集。尽管RT-qPCR快速且灵敏，但目前还没有标准方法，也没有经过认证的定量标准，并且使用不同的测定、试剂、仪器和数据分析方案进行实验。这些差异可能导致定量数据报告中的错误，从而可能误导解释和结论。我们回顾了SARS-CoV-2废水监测文献，重点是不一致的标准曲线和相关参数所揭示的RT-qPCR数据的变异性。我们发现，这些参数的变化和最佳实践的偏差，如定量实时PCR实验（MIQE）指南出版的最低信息中所述，表明在废水中SARS-CoV-2 RNA定量测量中经常缺乏重现性和可靠性。
Due to the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, wastewater surveillance has become an important tool for monitoring the spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) within communities. In particular, reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR) has been used to generate large datasets aimed at detecting and quantifying SARS-CoV-2 RNA in wastewater. Although RT-qPCR is rapid and sensitive, there is no standard method yet, there are no certified quantification standards, and experiments are conducted using different assays, reagents, instruments, and data analysis protocols. These variations can induce errors in quantitative data reports, thereby potentially misleading interpretations, and conclusions. We review the SARS-CoV-2 wastewater surveillance literature focusing on variability of RT-qPCR data as revealed by inconsistent standard curves and associated parameters. We find that variation in these parameters and deviations from best practices, as described in the Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) guidelines suggest a frequent lack of reproducibility and reliability in quantitative measurements of SARS-CoV-2 RNA in wastewater.
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DOI：
10.1016/j.coesh.2020.09.003
发表时间：
2020-09-30
影响因子：
--
作者：
Ahmed W;Bivins A;Bertsch PM;Bibby K;Choi PM;Farkas K;Gyawali P;Hamilton KA;Haramoto E;Kitajima M;Simpson SL;Tandukar S;Thomas K;Mueller JF
通讯作者：
Mueller JF
影响因子：
12.8
作者：
Sivaganesan, Mano;Haugland, Richard A.;Shanks, Orin C.
通讯作者：
Shanks, Orin C.
影响因子：
4.4
作者：
de Bruin, A.;de Groot, A.;Janse, I.
通讯作者：
Janse, I.
影响因子：
11.4
作者：
Graham, Katherine E.;Loeb, Stephanie K.;Boehm, Alexandria B.
通讯作者：
Boehm, Alexandria B.
DOI：
10.1016/j.coesh.2020.09.006
发表时间：
2020-10
影响因子：
--
作者：
Medema G;Been F;Heijnen L;Petterson S
通讯作者：
Petterson S