Translation of SBGN maps: Process Description to Activity Flow.
Translation of SBGN maps: Process Description to Activity Flow.
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DOI：
10.1186/1752-0509-7-115
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发表时间：
2013-10-31
影响因子：
--
通讯作者：
Schreiber F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vogt T;Czauderna T;Schreiber F
系统生物学图形符号（SBGN）为表示细胞过程、相互作用和生物网络提供了标准的图形语言。SBGN由三种语言组成：过程描述（PD）、实体关系（ER）和活动流（AF）。SBGN PD中的地图通常较大、详细且复杂，因此需要简化说明。为了解决这个问题，我们定义了SBGN PD映射到更抽象的SBGN AF映射的转换。我们提出了一个基于模板的翻译，它允许用户关注潜在生物系统的不同方面。我们还讨论了布局自动对焦图以及在PD和自动对焦图之间的交互式导航方面的问题。这里开发的方法已作为SBGN-ED （http://www.sbgn-ed.org）的一部分实施。SBGN PD图在翻译成SBGN AF后变得更小，更易于管理。将PD灵活地翻译成AF以及相关的交互方法是翻译不同SBGN语言的第一步，并为未来研究其他SBGN语言之间的翻译方法开辟了道路。
The Systems Biology Graphical Notation (SBGN) provides standard graphical languages for representing cellular processes, interactions, and biological networks. SBGN consists of three languages: Process Descriptions (PD), Entity Relationships (ER), and Activity Flows (AF). Maps in SBGN PD are often large, detailed, and complex, therefore there is a need for a simplified illustration. To solve this problem we define translations of SBGN PD maps into the more abstract SBGN AF maps. We present a template-based translation which allows the user to focus on different aspects of the underlying biological system. We also discuss aspects of laying out the AF map and of interactive navigation between both the PD and the AF map. The methods developed here have been implemented as part of SBGN-ED ( http://www.sbgn-ed.org). SBGN PD maps become much smaller and more manageable when translated into SBGN AF. The flexible translation of PD into AF and related interaction methods are an initial step in translating the different SBGN languages and open the path to future research for translation methods between other SBGN languages.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts508
发表时间：
2012-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Büchel F;Wrzodek C;Mittag F;Dräger A;Eichner J;Rodriguez N;Le Novère N;Zell A
通讯作者：
Zell A
影响因子：
--
作者：
Rohn H;Junker A;Hartmann A;Grafahrend-Belau E;Treutler H;Klapperstück M;Czauderna T;Klukas C;Schreiber F
通讯作者：
Schreiber F
影响因子：
3
作者：
Junker BH;Klukas C;Schreiber F
通讯作者：
Schreiber F
影响因子：
46.9
作者：
Le Novere, Nicolas;Hucka, Michael;Kitano, Hiroaki
通讯作者：
Kitano, Hiroaki
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr377
发表时间：
2011-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Wrzodek C;Dräger A;Zell A
通讯作者：
Zell A