The current state of SubtiWiki, the database for the model organism Bacillus subtilis.
The current state of SubtiWiki, the database for the model organism Bacillus subtilis.
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DOI：
10.1093/nar/gkab943
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stülke J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pedreira T;Elfmann C;Stülke J
枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性模型细菌，具有广泛的注释记录。然而，随着高通量技术的兴起，每年产生的复杂数据量一直在快速增加。因此，拥有准备好集成并表示这些数据的平台成为当务之急。为了解决这个问题，SubtiWiki (http://subtiwiki.uni-goettingen.de/) 于 2008 年创建，此后数据和浏览量一直在增长。它是访问量最大的枯草芽孢杆菌数据库，每年收到数百万次请求，为世界各地的科学家提供有关其基因和蛋白质的精选信息，以及复杂的蛋白质-蛋白质相互作用、调控元件、表达数据和代谢途径。然而，某些生物元素仍有很大一部分注释有待揭晓。因此，为了促进新的研究假设的发展，我们添加了同源性部分，涵盖其他生物体中潜在的蛋白质同源物。在这里，我们介绍了 SubtiWiki 的最新发展，并介绍了我们的数据库和该生物体数据的当前状态。
Bacillus subtilis is a Gram-positive model bacterium with extensive documented annotation. However, with the rise of high-throughput techniques, the amount of complex data being generated every year has been increasing at a fast pace. Thus, having platforms ready to integrate and give a representation to these data becomes a priority. To address it, SubtiWiki (http://subtiwiki.uni-goettingen.de/) was created in 2008 and has been growing in data and viewership ever since. With millions of requests every year, it is the most visited B. subtilis database, providing scientists all over the world with curated information about its genes and proteins, as well as intricate protein–protein interactions, regulatory elements, expression data and metabolic pathways. However, there is still a large portion of annotation to be unveiled for some biological elements. Thus, to facilitate the development of new hypotheses for research, we have added a Homology section covering potential protein homologs in other organisms. Here, we present the recent developments of SubtiWiki and give a guided tour of our database and the current state of the data for this organism.
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