Toward almost closed genomes with GapFiller.
Toward almost closed genomes with GapFiller.
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DOI：
10.1186/gb-2012-13-6-r56
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发表时间：
2012-06-25
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Pirovano W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boetzer M;Pirovano W
从头组装是下一代测序实验的常用应用。最终目标是将数百万个读段拼入一个完整的基因组，尽管组装草图通常会产生许多有缺口的支架序列。在本文中，我们提出了一种自动化的策略，称为GapFiller，使用配对读取可靠地关闭支架内的间隙。该方法在细菌和真核生物数据集上都显示出良好的结果，只允许很少的错误。因此，关闭基因组所需的额外湿实验室工作量大幅减少。该软件可在http://www.baseclear.com/bioinformatics-tools/上获得。
De novo assembly is a commonly used application of next-generation sequencing experiments. The ultimate goal is to puzzle millions of reads into one complete genome, although draft assemblies usually result in a number of gapped scaffold sequences. In this paper we propose an automated strategy, called GapFiller, to reliably close gaps within scaffolds using paired reads. The method shows good results on both bacterial and eukaryotic datasets, allowing only few errors. As a consequence, the amount of additional wetlab work needed to close a genome is drastically reduced. The software is available at http://www.baseclear.com/bioinformatics-tools/.
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