Recommendations for the classification of group A rotaviruses using all 11 genomic RNA segments.
Recommendations for the classification of group A rotaviruses using all 11 genomic RNA segments.
复制标题
使用所有11个基因组RNA片段的轮状病毒组分类的建议。
DOI：
10.1007/s00705-008-0155-1
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发表时间：
2008
影响因子：
2.7
通讯作者：
Van Ranst, Marc
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Matthijnssens, Jelle;Ciarlet, Max;Rahman, Mustafizur;Attoui, Houssam;Banyai, Krisztian;Estes, Mary K.;Gentsch, Jon R.;Iturriza-Gomara, Miren;Kirkwood, Carl D.;Martella, Vito;Mertens, Peter P. C.;Nakagomi, Osamu;Patton, John T.;Ruggeri, Franco M.;Saif, Linda J.;Santos, Norma;Steyer, Andrej;Taniguchi, Koki;Desselberger, Ulrich;Van Ranst, Marc
最近，有人提出了一种轮状病毒的分类系统，其中使用了所有11个基因组RNA片段(Matthijnssens等人，2008；J.Virol。82：3204-3219)。根据核苷酸同源性截断率，为每个基因组片段定义不同的基因类型。用Gx-P[x]-IX-Rx-Cx-Mx-Ax-Nx-Tx-Ex-Hx分别表示VP7-VP4-VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5/6编码基因，提出了比较轮状病毒全基因组的命名法。该分类系统是先前应用的基于基因型的系统的扩展，该系统利用了编码VP4、VP7、VP6和NSP4的轮状病毒基因片段。为了将轮状病毒毒株分配给已建立的基因型别或新的基因型别，本报告提出了一种标准程序。随着更多的人和动物轮状病毒基因组被完全测序，11个基因片段中的每一个都可能被识别出新的基因类型。成立了轮状病毒分类工作组(RCWG)，其中包括分子病毒学、传染病、流行病学和公共卫生方面的专家，该工作组可以帮助适当地描述新的基因类型，从而避免重复，帮助将错误降至最低。科学家被邀请在11个基因片段中的任何一个发现潜在的新轮状病毒基因型，将新的序列发送到RCWG，在那里将对该序列进行分析，并将适当地建议新的命名法。RCWG将定期更新分类菌株名单，并在网站上提供。将与国际病毒分类委员会的呼肠孤病毒科研究小组保持密切合作。
Recently, a classification system was proposed for rotaviruses in which all the 11 genomic RNA segments are used (Matthijnssens et al., 2008; J. Virol. 82:3204-3219). Based on nucleotide identity cut-off percentages, different genotypes were defined for each genome segment. A nomenclature for the comparison of complete rotavirus genomes was considered in which the notations Gx-P[x]-Ix-Rx-Cx-Mx-Ax-Nx-Tx-Ex-Hx are used for the VP7-VP4-VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5/6 encoding genes, respectively. This classification system is an extension of the previously applied, genotype-based system which made use of the rotavirus gene segments encoding VP4, VP7, VP6, and NSP4. In order to assign rotavirus strains to one of the established genotypes or a new genotype, a standard procedure is proposed in this report. As more human and animal rotavirus genomes will be completely sequenced, new genotypes for each of the eleven gene segments may be identified. A Rotavirus Classification Working Group (RCWG) including specialists in molecular virology, infectious diseases, epidemiology, and public health was formed, which can assist in the appropriate delineation of new genotypes, thus avoiding duplications and helping minimize errors. Scientists discovering a potentially new rotavirus genotype for any of the 11 gene segments are invited to send the novel sequence to the RCWG, where the sequence will be analyzed, and a new nomenclature will be advised as appropriate. The RCWG will update the list of classified strains regularly and make this accessible on a website. Close collaboration with the Study Group Reoviridae of the International Committee on the Taxonomy of Viruses will be maintained.
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