viSNE enables visualization of high dimensional single-cell data and reveals phenotypic heterogeneity of leukemia.
viSNE enables visualization of high dimensional single-cell data and reveals phenotypic heterogeneity of leukemia.
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DOI：
10.1038/nbt.2594
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发表时间：
2013-06
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
高维单细胞技术正在彻底改变我们理解生物系统的方式。质谱流式细胞术等技术可同时测量单个细胞中的数十个参数，这使得解释变得令人畏惧。我们开发了 viSNE，这是一种将高维细胞计数数据映射到二维同时保留高维结构的工具。我们将质谱流式分析仪与 viSNE 相结合，以绘制健康和癌性骨髓样本的图谱。健康的骨髓映射成区分免疫亚型的规范形状。然而，在白血病中，形状是畸形的：癌症样本的图谱与健康图谱不同，而且彼此之间也不同。 viSNE 强调癌症表面表型表达异质性的结构，遍历从诊断到复发的进展，并在微小残留病环境中识别罕见的白血病群体。随着多项新技术将每个细胞中同时测量的参数数量增加到数百个，viSNE 将成为分析和解释此类实验的中流砥柱。
High-dimensional single-cell technologies are revolutionizing the way we understand biological systems. Technologies such as mass cytometry measure dozens of parameters simultaneously in individual cells, making interpretation daunting. We developed viSNE, a tool to map high-dimensional cytometry data onto 2D while conserving high-dimensional structure. We integrated mass cytometry with viSNE to map healthy and cancerous bone marrow samples. Healthy bone marrow maps into a canonical shape that separates between immune subtypes. In leukemia, however, the shape is malformed: the maps of cancer samples are distinct from the healthy map and from each other. viSNE highlights structure in the heterogeneity of surface phenotype expression in cancer, traverses the progression from diagnosis to relapse, and identifies a rare leukemia population in minimal residual disease settings. As several new technologies raise the number of simultaneously measured parameters in each cell to the hundreds, viSNE will become a mainstay in analyzing and interpreting such experiments.
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影响因子：
16.8
作者：
Bendall SC;Nolan GP;Roederer M;Chattopadhyay PK
通讯作者：
Chattopadhyay PK
影响因子：
48
作者：
Lubeck, Eric;Cai, Long
通讯作者：
Cai, Long
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.5
作者：
O'Brien, Catherine Adell;Kreso, Antonija;Dick, John E.
通讯作者：
Dick, John E.
DOI：
10.1126/science.1198704
发表时间：
2011-05-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bendall SC;Simonds EF;Qiu P;Amir el-AD;Krutzik PO;Finck R;Bruggner RV;Melamed R;Trejo A;Ornatsky OI;Balderas RS;Plevritis SK;Sachs K;Pe'er D;Tanner SD;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP