Reconstructing genome-scale metabolic models with merlin.
Reconstructing genome-scale metabolic models with merlin.
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DOI：
10.1093/nar/gkv294
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发表时间：
2015-04-30
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rocha I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dias O;Rocha M;Ferreira EC;Rocha I
使用基因组规模信息重建代谢模型 (merlin) 工具是一个用户友好的 Java 应用程序，可帮助任何已进行基因组测序的生物体重建基因组规模代谢模型。它执行重建过程的主要步骤，包括整个基因组的功能基因组注释和随后的反应组合构建。此外，merlin 还包括用于识别和注释编码转运蛋白的基因的工具，从而为这些载体生成转运反应。它还执行模型的区室化，预测基因组中编码的蛋白质的细胞器定位，从而预测参与此类酶促进的反应的代谢物的定位。基因-蛋白质-反应 (GPR) 关联会自动生成并包含在模型中。最后，merlin 加快了从基因组数据到以 SBML 标准格式导出的草稿代谢模型重建的转变，使用户能够初步了解生化网络，该网络可以在 merlin 提供的环境中手动管理。
The Metabolic Models Reconstruction Using Genome-Scale Information (merlin) tool is a user-friendly Java application that aids the reconstruction of genome-scale metabolic models for any organism that has its genome sequenced. It performs the major steps of the reconstruction process, including the functional genomic annotation of the whole genome and subsequent construction of the portfolio of reactions. Moreover, merlin includes tools for the identification and annotation of genes encoding transport proteins, generating the transport reactions for those carriers. It also performs the compartmentalisation of the model, predicting the organelle localisation of the proteins encoded in the genome and thus the localisation of the metabolites involved in the reactions promoted by such enzymes. The gene-proteins-reactions (GPR) associations are automatically generated and included in the model. Finally, merlin expedites the transition from genomic data to draft metabolic models reconstructions exported in the SBML standard format, allowing the user to have a preliminary view of the biochemical network, which can be manually curated within the environment provided by merlin.
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影响因子：
46.9
作者：
Le Novère, N;Finney, A;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
5.8
作者：
Holland, R. C. G.;Down, T. A.;Pocock, M.;Prlic, A.;Huen, D.;James, K.;Foisy, S.;Draeger, A.;Yates, A.;Heuer, M.;Schreiber, M. J.
通讯作者：
Schreiber, M. J.
DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3
作者：
DeJongh M;Formsma K;Boillot P;Gould J;Rycenga M;Best A
通讯作者：
Best A
影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J