Computational challenges, tools, and resources for analyzing co- and post-transcriptional events in high throughput.
Computational challenges, tools, and resources for analyzing co- and post-transcriptional events in high throughput.
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DOI：
10.1002/wrna.1274
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发表时间：
2015-05
影响因子：
7.3
通讯作者：
Uren, Philip J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bahrami-Samani, Emad;Vo, Dat T.;de Araujo, Patricia Rosa;Vogel, Christine;Smith, Andrew D.;Penalva, Luiz O. F.;Uren, Philip J.
基因表达的共转录和转录后调控是复杂和多方面的，跨越从发生到衰变的完整RNA生命周期。通过一系列不断扩展和发展的技术，可以实现对组成事件和进程的高吞吐量分析。充分利用所产生的数据是不平凡的，并且需要使用针对特定数据源精心制作的计算方法和工具，并且通常旨在探测特定的生物过程。利用其他研究人员预先编制的信息数据库可以进一步提高分析水平。在这篇评论中，我们描述了主要的共同和转录后事件的RNA生命周期中，适合高通量分析。我们特别强调对所得数据的分析，特别是可用的计算工具和资源，并展望未来仍有待解决的挑战。
Co- and post-transcriptional regulation of gene expression is complex and multi-faceted, spanning the complete RNA lifecycle from genesis to decay. High-throughput profiling of the constituent events and processes is achieved through a range of technologies that continue to expand and evolve. Fully leveraging the resulting data is non-trivial, and requires the use of computational methods and tools carefully crafted for specific data sources and often intended to probe particular biological processes. Drawing upon databases of information pre-compiled by other researchers can further elevate analyses. Within this review, we describe the major co- and post-transcriptional events in the RNA lifecycle that are amenable to high-throughput profiling. We place specific emphasis on the analysis of the resulting data, in particular the computational tools and resources available, as well as looking towards future challenges that remain to be addressed.
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影响因子：
64.8
作者：
Baek, Daehyun;Villen, Judit;Shin, Chanseok;Camargo, Fernando D.;Gygi, Steven P.;Bartel, David P.
通讯作者：
Bartel, David P.
影响因子：
14.9
作者：
Bakheet T;Williams BR;Khabar KS
通讯作者：
Khabar KS
影响因子：
14.9
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
通讯作者：
Dieterich C
影响因子：
7.5
作者：
BAILEY, TL;ELKAN, C
通讯作者：
ELKAN, C
影响因子：
5.8
作者：
Alic, Andrei;Perez-Ortin, Jose E.;Arnau, Vicente
通讯作者：
Arnau, Vicente