Chromosome level genome assembly of colored calla lily (Zantedeschia elliottiana).
Chromosome level genome assembly of colored calla lily (Zantedeschia elliottiana).
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DOI：
10.1038/s41597-023-02516-1
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发表时间：
2023-09-09
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Wei, Zunzheng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang, Yi;Yang, Tuo;Wang, Di;Gou, Rongxin;Jiang, Yin;Zhang, Guojun;Zheng, Yuhong;Gao, Dan;Chen, Liyang;Zhang, Xiuhai;Wei, Zunzheng
彩色马蹄莲是一种原产于非洲南部的观赏花卉植物，属于天南星科马蹄莲属。我们产生了一个高质量的彩色马蹄莲染色体水平的基因组，大小为1,154 Mb，重叠群N50为42 Mb。我们将98.5%的重叠群（1，137 Mb）锚定到16条假染色体上，并将60.18%的序列（694 Mb）鉴定为重复序列。95.1%的预测蛋白质编码基因（36，165）被赋予了功能注释。此外，我们还注释了469个miRNAs、1，652个tRNAs、10，033个rRNAs和1，677个snRNAs。此外，Gypsy型LTR反转录转座子在基因组中的插入是导致天南星科物种基因组大小显著变异的主要因素。这一高质量的基因组组装为了解天南星科基因组大小差异和推进彩色马蹄莲基因组研究提供了宝贵的资源。
The colored calla lily is an ornamental floral plant native to southern Africa, belonging to the Zantedeschia genus of the Araceae family. We generated a high-quality chromosome-level genome of the colored calla lily, with a size of 1,154 Mb and a contig N50 of 42 Mb. We anchored 98.5% of the contigs (1,137 Mb) into 16 pseudo-chromosomes, and identified 60.18% of the sequences (694 Mb) as repetitive sequences. Functional annotations were assigned to 95.1% of the predicted protein-coding genes (36,165). Additionally, we annotated 469 miRNAs, 1,652 tRNAs, 10,033 rRNAs, and 1,677 snRNAs. Furthermore, Gypsy-type LTR retrotransposons insertions in the genome are the primary factor causing significant genome size variation in Araceae species. This high-quality genome assembly provides valuable resources for understanding genome size differences within the Araceae family and advancing genomic research on colored calla lily.
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影响因子：
12.3
作者：
Daron J;Glover N;Pingault L;Theil S;Jamilloux V;Paux E;Barbe V;Mangenot S;Alberti A;Wincker P;Quesneville H;Feuillet C;Choulet F
通讯作者：
Choulet F
影响因子：
1.7
作者：
Jurka, J;Kapitonov, VV;Walichiewicz, J
通讯作者：
Walichiewicz, J
影响因子：
12.3
作者：
Haas, Brian J.;Salzberg, Steven L.;Zhu, Wei;Pertea, Mihaela;Allen, Jonathan E.;Orvis, Joshua;White, Owen;Buell, C. Robin;Wortman, Jennifer R.
通讯作者：
Wortman, Jennifer R.
DOI：
10.1101/pdb.top17
发表时间：
2007-07-01
期刊：
CSH protocols
影响因子：
--
作者：
Mount, David W
通讯作者：
Mount, David W
影响因子：
14.9
作者：
Bairoch, A;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R