Gene Regulatory Network of the Noncoding RNA Qrr5 Involved in the Cytotoxicity of Vibrio parahaemolyticus during Infection.
Gene Regulatory Network of the Noncoding RNA Qrr5 Involved in the Cytotoxicity of Vibrio parahaemolyticus during Infection.
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副溶血性弧菌感染过程中参与细胞毒性的非编码RNA Qrr5的基因调控网络
DOI：
10.3390/microorganisms10102084
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发表时间：
2022-10-21
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
细菌中的小分子非编码RNA（Small non-coding RNAs，sRNAs）是控制细菌毒力的重要调控分子。在弧菌属中，Qrr sRNAs对于群体感应途径和调节一些毒力因子的释放至关重要。然而，Qrr sRNAs在副溶血性弧菌毒力中的详细作用仍然知之甚少。在这项研究中，我们确定了一个弧菌sRNA Qrr 5，积极调节细胞毒性和粘附在Caco-2细胞主要通过调节T3 SS 1基因簇。分别在感染后0、2、4和6 h检测到185、586、355和74个差异表达基因（DEG），主要与ABC转运蛋白和双组分系统途径相关。由于Qrr 5的缺失，DEG在感染后的各个时间点表现出表达的动态变化。因此，在共表达网络中鉴定了17个相关基因，并且基于感染期间的加权共表达网络分析来确定它们与Qrr 5的相互作用。综上所述，我们的结果提供了副溶血性弧菌在Caco-2细胞中感染期间的全面转录组谱。
Small non-coding RNAs (sRNAs) in bacteria are important regulatory molecules for controlling virulence. In Vibrio spp., Qrr sRNAs are critical for quorum-sensing pathways and regulating the release of some virulence factors. However, the detailed role of Qrr sRNAs in the virulence of Vibrio parahaemolyticus remains poorly understood. In this study, we identified a Vibrio sRNA Qrr5 that positively regulates cytotoxicity and adherence in Caco-2 cells by primarily regulating the T3SS1 gene cluster. A number of 185, 586, 355, and 74 differentially expressed genes (DEGs) detected at 0, 2, 4, and 6 h post-infection, respectively, were mainly associated with ABC transporters and two-component system pathways. The DEGs exhibited a dynamic change in expression at various time points post-infection owing to the deletion of Qrr5. Accordingly, 17 related genes were identified in the co-expression network, and their interaction with Qrr5 was determined based on weighted co-expression network analysis during infection. Taken together, our results provide a comprehensive transcriptome profile of V. parahaemolyticus during infection in Caco-2 cells.
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