Improving the sensitivity of in vivo CRISPR off-target detection with DISCOVER-Seq.
Improving the sensitivity of in vivo CRISPR off-target detection with DISCOVER-Seq.
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DISCOVER-Seq提高体内CRISPR脱靶检测的灵敏度。
DOI：
10.1038/s41592-023-01840-z
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发表时间：
2023-05
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Ha, Taekjip
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zou, Roger S.;Liu, Yang;Gaido, Oscar E. Reyes;Konig, Maximilian F.;Mog, Brian J.;Shen, Leo L.;Aviles-Vazquez, Franklin;Marin-Gonzalez, Alberto;Ha, Taekjip
在患者来源的细胞和动物模型中发现脱靶CRISPR-Cas活性对于基因组编辑应用至关重要，但目前表现出低灵敏度。我们证明了DNA依赖性蛋白激酶催化亚基的抑制在CRISPR-Cas靶向位点积累了修复蛋白MRE 11，从而能够使用染色质免疫沉淀法将脱靶位点高灵敏度映射到MRE 11结合的位置，然后进行测序。这项名为DISCOVER-Seq+的技术在永生化细胞系、原代人类细胞和小鼠中发现的CRISPR脱靶位点是以前方法的五倍。我们证明了在原代人T细胞中体外敲入癌症定向转基因T细胞受体和在小鼠中体内腺病毒敲除心血管风险基因PCSK 9的适用性。因此，据我们所知，DISCOVER-Seq+是迄今为止发现体内脱靶基因组编辑的最灵敏的方法。DISCOVER-Seq+是一种用于检测CRISPR基因组编辑脱靶效应的高灵敏度方法。
Discovery of off-target CRISPR–Cas activity in patient-derived cells and animal models is crucial for genome editing applications, but currently exhibits low sensitivity. We demonstrate that inhibition of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit accumulates the repair protein MRE11 at CRISPR–Cas-targeted sites, enabling high-sensitivity mapping of off-target sites to positions of MRE11 binding using chromatin immunoprecipitation followed by sequencing. This technique, termed DISCOVER-Seq+, discovered up to fivefold more CRISPR off-target sites in immortalized cell lines, primary human cells and mice compared with previous methods. We demonstrate applicability to ex vivo knock-in of a cancer-directed transgenic T cell receptor in primary human T cells and in vivo adenovirus knock-out of cardiovascular risk gene PCSK9 in mice. Thus, DISCOVER-Seq+ is, to our knowledge, the most sensitive method to-date for discovering off-target genome editing in vivo. DISCOVER-Seq+ is a high-sensitivity method for the detection of off-target effects of CRISPR genome editing.
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影响因子：
16.6
作者：
Liang SQ;Liu P;Smith JL;Mintzer E;Maitland S;Dong X;Yang Q;Lee J;Haynes CM;Zhu LJ;Watts JK;Sontheimer EJ;Wolfe SA;Xue W
通讯作者：
Xue W
影响因子：
46.9
作者：
Kleinstiver BP;Tsai SQ;Prew MS;Nguyen NT;Welch MM;Lopez JM;McCaw ZR;Aryee MJ;Joung JK
通讯作者：
Joung JK
影响因子：
3.6
作者：
Han KY;Ha T
通讯作者：
Ha T
影响因子：
16.6
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrc.2016.97
发表时间：
2016-08-23
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
Fesnak AD;June CH;Levine BL
通讯作者：
Levine BL