VSpipe, an Integrated Resource for Virtual Screening and Hit Selection: Applications to Protein Tyrosine Phospahatase Inhibition.
VSpipe, an Integrated Resource for Virtual Screening and Hit Selection: Applications to Protein Tyrosine Phospahatase Inhibition.
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DOI：
10.3390/molecules23020353
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发表时间：
2018-02-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tabernero L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Álvarez-Carretero S;Pavlopoulou N;Adams J;Gilsenan J;Tabernero L
使用计算工具进行虚拟筛选提供了一种具有成本效益的方法来选择药物开发的起点。我们开发了VSpipe，这是一种用户友好的半自动管道，用于基于结构的虚拟筛选。VSpipe使用现有的工具AutoDock和OpenBabel以及内部开发的软件，创建一个端到端的虚拟筛选工作流程，从受体和配体的制备到结果的可视化。VSpipe是高效和灵活的，允许用户在不同的步骤中进行选择，并且它适合在本地和集群模式下使用。我们已经使用人蛋白酪氨酸磷酸酶PTP1B作为案例研究验证了VSpipe。使用盲对接和靶向对接的组合，VSpipe鉴定了新的和已知的功能性配体结合位点。使用VSpipe创建的配体效率图评估不同的结合簇，定义了用于开发PTP1B抑制剂的药物样化学空间，其具有对其他PTP的潜在应用。在这项研究中，我们表明，VSpipe可以用于识别和比较不同的抑制模式，从而指导药物发现的初始命中的选择。
The use of computational tools for virtual screening provides a cost-efficient approach to select starting points for drug development. We have developed VSpipe, a user-friendly semi-automated pipeline for structure-based virtual screening. VSpipe uses the existing tools AutoDock and OpenBabel together with software developed in-house, to create an end-to-end virtual screening workflow ranging from the preparation of receptor and ligands to the visualisation of results. VSpipe is efficient and flexible, allowing the users to make choices at different steps, and it is amenable to use in both local and cluster mode. We have validated VSpipe using the human protein tyrosine phosphatase PTP1B as a case study. Using a combination of blind and targeted docking VSpipe identified both new and known functional ligand binding sites. Assessment of different binding clusters using the ligand efficiency plots created by VSpipe, defined a drug-like chemical space for development of PTP1B inhibitors with potential applications to other PTPs. In this study, we show that VSpipe can be deployed to identify and compare different modes of inhibition thus guiding the selection of initial hits for drug discovery.
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