GOEAST: a web-based software toolkit for Gene Ontology enrichment analysis.
GOEAST: a web-based software toolkit for Gene Ontology enrichment analysis.
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GOEAST：一个基于网络的软件工具包，用于基因本体富集分析。
DOI：
10.1093/nar/gkn276
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发表时间：
2008-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang XJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng Q;Wang XJ
基因本体论（GO）分析已成为大规模基因组或转录组数据功能研究的常用方法。尽管已有许多具备基因本体论相关分析功能的软件，但仍需要新的工具来满足新技术所产生数据的要求或用于高级分析目的。在此，我们介绍一种基因本体论富集分析软件工具包（GOEAST），这是一个易于使用的基于网络的工具包，可识别给定基因集中统计学上过度代表的基因本体论术语。与现有的基因本体论分析工具相比，GOEAST具有以下改进的特性：（i）GOEAST根据每个基因本体论类别（生物过程、分子功能和细胞组分）的层次树中的关系以图形格式显示富集的基因本体论术语，因此能更好地理解富集的基因本体论术语之间的相关性；（ii）GOEAST支持对来自各种来源（Affymetrix、Illumina、Agilent的探针或探针组ID，或定制的微阵列，以及不同的基因标识符）和多个物种（约60种原核生物和真核生物物种）的数据进行分析；（iii）GOEAST的一个独特功能是允许对多个实验的基因本体论富集状态进行交叉比较，以识别它们之间的功能相关性。GOEAST还提供严格的统计检验以提高分析结果的可靠性。GOEAST可在http://omicslab.genetics.ac.cn/GOEAST/免费访问。
Gene Ontology (GO) analysis has become a commonly used approach for functional studies of large-scale genomic or transcriptomic data. Although there have been a lot of software with GO-related analysis functions, new tools are still needed to meet the requirements for data generated by newly developed technologies or for advanced analysis purpose. Here, we present a Gene Ontology Enrichment Analysis Software Toolkit (GOEAST), an easy-to-use web-based toolkit that identifies statistically overrepresented GO terms within given gene sets. Compared with available GO analysis tools, GOEAST has the following improved features: (i) GOEAST displays enriched GO terms in graphical format according to their relationships in the hierarchical tree of each GO category (biological process, molecular function and cellular component), therefore, provides better understanding of the correlations among enriched GO terms; (ii) GOEAST supports analysis for data from various sources (probe or probe set IDs of Affymetrix, Illumina, Agilent or customized microarrays, as well as different gene identifiers) and multiple species (about 60 prokaryote and eukaryote species); (iii) One unique feature of GOEAST is to allow cross comparison of the GO enrichment status of multiple experiments to identify functional correlations among them. GOEAST also provides rigorous statistical tests to enhance the reliability of analysis results. GOEAST is freely accessible at http://omicslab.genetics.ac.cn/GOEAST/
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