Automated tracing of helical assemblies from electron cryo-micrographs.
Automated tracing of helical assemblies from electron cryo-micrographs.
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DOI：
10.1016/j.jsb.2017.11.013
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发表时间：
2018-04
影响因子：
3
通讯作者：
Sachse C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huber ST;Kuhm T;Sachse C
螺旋样本的结构测定通常需要来自数千张显微照片的数据集，这些显微照片通常是通过自动冷冻电镜数据采集获得的。从如此多的显微照片中交互式追踪螺旋组件是劳动密集型且耗时的。在这里，我们介绍了一种自动追踪工具 MicHelixTrace，它可以从刚性和非常灵活的螺旋组件的显微照片中精确定位螺旋痕迹，且误报率较低。计算机程序速度快且计算要求低。除了后续螺旋重建工作流程所需的螺旋坐标之外，我们还确定聚合物系综的持久长度。该信息提供了一种有用的方法来表征螺旋组件的机械性能并评估高分辨率结构确定的潜力。
Structure determination of helical specimens commonly requires datasets from thousands of micrographs often obtained by automated cryo-EM data acquisition. Interactive tracing of helical assemblies from such a number of micrographs is labor-intense and time-consuming. Here, we introduce an automated tracing tool MicHelixTrace that precisely locates helix traces from micrographs of rigid as well as very flexible helical assemblies with small numbers of false positives. The computer program is fast and has low computational requirements. In addition to helix coordinates required for a subsequent helical reconstruction work-flow, we determine the persistence length of the polymer ensemble. This information provides a useful measure to characterize mechanical properties of helical assemblies and to evaluate the potential for high-resolution structure determination.
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