Genetic characteristics, coreceptor usage potential and evolution of Nigerian HIV-1 subtype G and CRF02_AG isolates.
Genetic characteristics, coreceptor usage potential and evolution of Nigerian HIV-1 subtype G and CRF02_AG isolates.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0017865
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发表时间：
2011-03-14
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ndung'u T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ajoge HO;Gordon ML;de Oliveira T;Green TN;Ibrahim S;Shittu OS;Olonitola SO;Ahmad AA;Ndung'u T
HIV-1 CRF02_AG和亚型G（HIV-1G）占尼日利亚艾滋病毒感染的大多数，但其演变趋势尚未得到很好的记录。为了更好地阐明尼日利亚流行的动态，我们对尼日利亚中北部孕妇HIV-1分离株的gag和env基因进行了鉴定。在两种基因中测序的28个样品中，主要分支是CRF02_AG（39%）和HIV-1G（32%）。观察到CXCR 4嗜性（X4）HIV-1G分离株的预测比例高于CRF02_AG（p = 0.007，Fisher精确检验）。 对我们的序列和洛斯阿拉莫斯数据库中所有已标注日期的尼日利亚序列进行的系统发育和贝叶斯分析表明，CRF02_AG和HIV-1G通过多个条目进入尼日利亚，HIV-1G的存在可追溯到20世纪80年代初。这项研究强调了尼日利亚的HIV-1流行病的遗传复杂性，可能的亚型特异性差异，在辅助受体的使用，和主要的HIV-1菌株在尼日利亚，这可能会影响生物医学干预措施的设计和更好地了解流行病的演变趋势。
HIV-1 CRF02_AG and subtype G (HIV-1G) account for most HIV infections in Nigeria, but their evolutionary trends have not been well documented. To better elucidate the dynamics of the epidemic in Nigeria we characterised the gag and env genes of North-Central Nigerian HIV-1 isolates from pregnant women. Of 28 samples sequenced in both genes, the predominant clades were CRF02_AG (39%) and HIV-1G (32%). Higher predicted proportion of CXCR4-tropic (X4) HIV-1G isolates was noted compared to CRF02_AG (p = 0.007, Fisher's exact test). Phylogenetic and Bayesian analysis conducted on our sequences and all the dated available Nigerian sequences on the Los Alamos data base showed that CRF02_AG and HIV-1G entered into Nigeria through multiple entries, with presence of HIV-1G dating back to early 1980s. This study underlines the genetic complexity of the HIV-1 epidemic in Nigeria, possible subtype-specific differences in co-receptor usage, and the evolutionary trends of the predominant HIV-1 strains in Nigeria, which may have implications for the design of biomedical interventions and better understanding of the epidemic.
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影响因子：
9.4
作者：
FOUCHIER, RAM;BROUWER, M;SCHUITEMAKER, H
通讯作者：
SCHUITEMAKER, H
影响因子：
3.8
作者：
Hemelaar, Joris;Gouws, Eleanor;Osmanov, Saladin
通讯作者：
Osmanov, Saladin
DOI：
10.1097/qai.0b013e3181b06125
发表时间：
2009-10-01
期刊：
Journal of acquired immune deficiency syndromes (1999)
影响因子：
--
作者：
Hawkins CA;Chaplin B;Idoko J;Ekong E;Adewole I;Gashau W;Murphy RL;Kanki P;APIN Plus/Harvard PEPFAR Team
通讯作者：
APIN Plus/Harvard PEPFAR Team
影响因子：
3.7
作者：
Carr, JK;Salminen, MO;McCutchan, FE
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作者：
Esbjornsson, Joakim;Mansson, Fredrik;Medstrand, Patrik
通讯作者：
Medstrand, Patrik