CPA: a web-based platform for consensus pathway analysis and interactive visualization.
CPA: a web-based platform for consensus pathway analysis and interactive visualization.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkab421
复制
发表时间：
2021-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Nguyen T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nguyen H;Tran D;Galazka JM;Costes SV;Beheshti A;Petereit J;Draghici S;Nguyen T
在分子生物学和遗传学中，数据收集的容易程度和我们从这些数据中提取知识的能力之间存在很大的差距。造成这一差距的原因是，生物体是复杂的系统，其出现的表型是在各种途径上发生的多种复杂相互作用的结果。这需要强大而用户友好的途径分析工具来将现在丰富的高通量数据转化为对潜在生物现象的更好理解。在这里，我们介绍共识通路分析（CPA），一个基于网络的平台，允许研究人员（i）使用八种已建立的方法进行通路分析（GSEA，GSA，FGSEA，PADOG，影响分析，ORA/Webgestalt，KS检验，Wilcox检验），（ii）对多个数据集进行荟萃分析，（iii）将联合收割机方法和数据集相结合，以准确地识别所研究的条件下受影响的路径，以及（iv）交互式地探索受影响的路径，并浏览通路和基因之间的关系。该平台支持三种类型的输入：（i）差异表达基因的列表，（ii）基因和倍数变化以及（iii）表达矩阵。它还允许用户从NCBI GEO导入数据。CPA平台目前支持使用KEGG和Gene Ontology分析多种生物体，可在http://cpa.tinnguyen-lab.com上免费获得。使用共识途径分析（CPA）进行途径分析和可视化。CPA允许用户比较、对比和联合收割机不同方法和实验的分析结果，并支持超过1000种生物。
In molecular biology and genetics, there is a large gap between the ease of data collection and our ability to extract knowledge from these data. Contributing to this gap is the fact that living organisms are complex systems whose emerging phenotypes are the results of multiple complex interactions taking place on various pathways. This demands powerful yet user-friendly pathway analysis tools to translate the now abundant high-throughput data into a better understanding of the underlying biological phenomena. Here we introduce Consensus Pathway Analysis (CPA), a web-based platform that allows researchers to (i) perform pathway analysis using eight established methods (GSEA, GSA, FGSEA, PADOG, Impact Analysis, ORA/Webgestalt, KS-test, Wilcox-test), (ii) perform meta-analysis of multiple datasets, (iii) combine methods and datasets to accurately identify the impacted pathways underlying the studied condition and (iv) interactively explore impacted pathways, and browse relationships between pathways and genes. The platform supports three types of input: (i) a list of differentially expressed genes, (ii) genes and fold changes and (iii) an expression matrix. It also allows users to import data from NCBI GEO. The CPA platform currently supports the analysis of multiple organisms using KEGG and Gene Ontology, and it is freely available at http://cpa.tinnguyen-lab.com. Pathway analysis and visualization using consensus pathway analysis (CPA). CPA allows users to compare, contrast and combine analysis results across different methods and experiments, and supports over 1000 organisms.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
影响因子：
14.9
作者：
Kuleshov MV;Jones MR;Rouillard AD;Fernandez NF;Duan Q;Wang Z;Koplev S;Jenkins SL;Jagodnik KM;Lachmann A;McDermott MG;Monteiro CD;Gundersen GW;Ma'ayan A
通讯作者：
Ma'ayan A
CePa：一个 R 包，用于查找由多个网络中心加权的重要路径
影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Wang, Jin
通讯作者：
Wang, Jin
影响因子：
5.8
作者：
Al-Shahrour, F;Díaz-Uriarte, R;Dopazo, J
通讯作者：
Dopazo, J
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y