The UEA sRNA Workbench (version 4.4): a comprehensive suite of tools for analyzing miRNAs and sRNAs.
The UEA sRNA Workbench (version 4.4): a comprehensive suite of tools for analyzing miRNAs and sRNAs.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty338
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发表时间：
2018-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Moulton V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stocks MB;Mohorianu I;Beckers M;Paicu C;Moxon S;Thody J;Dalmay T;Moulton V
RNA 干扰是一种高度保守的调节机制，通过小 RNA (sRNA) 介导。最近的技术进步使得能够分析更大、更复杂的数据集以及研究 microRNA 和鲜为人知的小干扰 RNA。然而，当前数据的规模和复杂性需要一套全面的工具，能够将模式与低水平、类似噪声的变化区分开来；来自社区的众多不同建议代表了未来工具的宝贵思想来源，社区为该软件做出贡献的能力至关重要。我们推出了 UEA sRNA 工作台的新版本，经过重新配置，可以轻松插入新工具/工作流程。在其发布的形式中，它由用户友好环境中的一套工具组成，具有增强的 sRNA-seq 数据综合处理功能，例如用于准确预测 sRNA 位点 (CoLIde) 和 miRNA 位点 (miRCat2) 的工具，以及指导用户完成输入数据质量检查、丰度标准化或差异表达检测等常见步骤的工作流程是 sRNA-seq 分析的第一步。 UEA sRNA 工作台可从以下网址获取：http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk。源代码可在以下网址获取：https://github.com/sRNAworkbenchuea/UEA_sRNA_Workbench 补充数据可在生物信息学在线获取。
RNA interference, a highly conserved regulatory mechanism, is mediated via small RNAs (sRNA). Recent technical advances enabled the analysis of larger, complex datasets and the investigation of microRNAs and the less known small interfering RNAs. However, the size and intricacy of current data requires a comprehensive set of tools, able to discriminate the patterns from the low-level, noise-like, variation; numerous and varied suggestions from the community represent an invaluable source of ideas for future tools, the ability of the community to contribute to this software is essential. We present a new version of the UEA sRNA Workbench, reconfigured to allow an easy insertion of new tools/workflows. In its released form, it comprises of a suite of tools in a user-friendly environment, with enhanced capabilities for a comprehensive processing of sRNA-seq data e.g. tools for an accurate prediction of sRNA loci (CoLIde) and miRNA loci (miRCat2), as well as workflows to guide the users through common steps such as quality checking of the input data, normalization of abundances or detection of differential expression represent the first step in sRNA-seq analyses. The UEA sRNA Workbench is available at: http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk. The source code is available at: https://github.com/sRNAworkbenchuea/UEA_sRNA_Workbench Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Rueda A;Barturen G;Lebrón R;Gómez-Martín C;Alganza Á;Oliver JL;Hackenberg M
通讯作者：
Hackenberg M
影响因子：
3.7
作者：
Mohorianu I;Bretman A;Smith DT;Fowler EK;Dalmay T;Chapman T
通讯作者：
Chapman T
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts311
发表时间：
2012-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Stocks MB;Moxon S;Mapleson D;Woolfenden HC;Mohorianu I;Folkes L;Schwach F;Dalmay T;Moulton V
通讯作者：
Moulton V
DOI：
10.1261/rna.055509.115
发表时间：
2016-08
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Ziemann M;Kaspi A;El-Osta A
通讯作者：
El-Osta A
影响因子：
14.9
作者：
Cock PJ;Fields CJ;Goto N;Heuer ML;Rice PM
通讯作者：
Rice PM