Challenges and Practical Solutions to MRI and Histology Matching and Measurements Using Available ImageJ Software Tools.
Challenges and Practical Solutions to MRI and Histology Matching and Measurements Using Available ImageJ Software Tools.
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使用现有的ImageJ软件工具进行MRI和组织学匹配和测量的挑战和实用解决方案。
DOI：
10.3390/biomedicines10071556
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发表时间：
2022-06-30
期刊：
影响因子：
4.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
传统上，组织学是验证成像实验的金标准。匹配成像切片和组织切片以及精确描绘相应的组织结构是困难的。挑战是基于成像和组织切片厚度的差异以及处理后的组织收缩和改变。在这里，我们描述了一步一步的指示，可能会被用作一个通用的途径，以覆盖MRI和组织学图像和成像模式之间的测量的相关性。使用免费可用的（Fiji仅）ImageJ软件工具进行感兴趣区域转换（ROIT）和比对，使用大鼠脑MRI作为示例。开发的ROIT程序进行了比较，以手动描绘大鼠大脑结构。ROIT插件是为ImageJ开发的，用于实现啮齿动物大脑的图像处理和结构分析的自动化。
Traditionally histology is the gold standard for the validation of imaging experiments. Matching imaging slices and histological sections and the precise outlining of corresponding tissue structures are difficult. Challenges are based on differences in imaging and histological slice thickness as well as tissue shrinkage and alterations after processing. Here we describe step-by-step instructions that might be used as a universal pathway to overlay MRI and histological images and for a correlation of measurements between imaging modalities. The free available (Fiji is just) ImageJ software tools were used for regions of interest transformation (ROIT) and alignment using a rat brain MRI as an example. The developed ROIT procedure was compared to a manual delineation of rat brain structures. The ROIT plugin was developed for ImageJ to enable an automatization of the image processing and structural analysis of the rodent brain.
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影响因子：
3.7
作者：
Elvira G;García I;Benito M;Gallo J;Desco M;Penadés S;Garcia-Sanz JA;Silva A
通讯作者：
Silva A
DOI：
10.1177/1747493018799962
发表时间：
2019-04
期刊：
International journal of stroke : official journal of the International Stroke Society
影响因子：
--
作者：
Humphreys CA;Jansen MA;Muñoz Maniega S;González-Castro V;Pernet C;Deary IJ;Al-Shahi Salman R;Wardlaw JM;Smith C
通讯作者：
Smith C
影响因子：
5.6
作者：
Khodanovich MY;Akulov AE;Anan'ina TV;Kudabaeva MS;Pishchelko AO;Krutenkova EP;Nemirovich-Danchenko NM;Svetlik MV;Tumentceva YA;Van den Haute C;Gijsbers R;Daniëls V;Thiry I;Pershina AG;Shadrina MM;Naumova AV
通讯作者：
Naumova AV
影响因子：
3.3
作者：
Deoni, Sean C. L.;Rutt, Brian K.;Jones, Derek K.
通讯作者：
Jones, Derek K.
影响因子：
3.8
作者：
Reynolds, H. M.;Williams, S.;Haworth, A.
通讯作者：
Haworth, A.