EPD and EPDnew, high-quality promoter resources in the next-generation sequencing era.
EPD and EPDnew, high-quality promoter resources in the next-generation sequencing era.
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DOI：
10.1093/nar/gks1233
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bucher P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dreos R;Ambrosini G;Cavin Périer R;Bucher P
真核启动子数据库 (EPD) 可在线获取，网址为：http://epd.vital-it.ch，它是实验定义的真核 POL II 启动子的集合，已维护超过 25 年。启动子由基因组中的单个位置代表，通常是主要转录起始位点（TSS）。 EPD 主要服务于对分析共调控启动子亚群的基序内容、染色质结构或 DNA 甲基化状态感兴趣的生物学家。最初，启动子证据来自针对单基因的 TSS 作图实验并发表在期刊文章中。如今，EPD 提供的 TSS 位置是根据以电子形式分发的下一代测序数据推断出来的。传统上，EPD 是一个覆盖率较低的高质量数据库。最近努力的重点是实现重要模式生物的完整基因覆盖。为此，我们引入了一个名为 EPDnew 的新部分，它是由多个精心选择的输入数据集自动组装而成。作为另一个新颖之处，除了 mRNA 5' 标签之外，我们还开始使用染色质特征来定位每周表达基因的启动子。关于用户界面，我们引入了一个新的启动子查看器，使用户能够在 UCSC 基因组浏览器窗口中探索启动子定义的实验证据。
The Eukaryotic Promoter Database (EPD), available online at http://epd.vital-it.ch, is a collection of experimentally defined eukaryotic POL II promoters which has been maintained for more than 25 years. A promoter is represented by a single position in the genome, typically the major transcription start site (TSS). EPD primarily serves biologists interested in analysing the motif content, chromatin structure or DNA methylation status of co-regulated promoter subsets. Initially, promoter evidence came from TSS mapping experiments targeted at single genes and published in journal articles. Today, the TSS positions provided by EPD are inferred from next-generation sequencing data distributed in electronic form. Traditionally, EPD has been a high-quality database with low coverage. The focus of recent efforts has been to reach complete gene coverage for important model organisms. To this end, we introduced a new section called EPDnew, which is automatically assembled from multiple, carefully selected input datasets. As another novelty, we started to use chromatin signatures in addition to mRNA 5′tags to locate promoters of weekly expressed genes. Regarding user interfaces, we introduced a new promoter viewer which enables users to explore promoter-defining experimental evidence in a UCSC genome browser window.
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