Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan.
Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan.
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DOI：
10.1038/nmeth.1470
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发表时间：
2010-07
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Carninci, Piero
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Plessy, Charles;Bertin, Nicolas;Takahashi, Hazuki;Simone, Roberto;Salimullah, Md;Lassmann, Timo;Vitezic, Morana;Severin, Jessica;Olivarius, Signe;Lazarevic, Dejan;Hornig, Nadine;Orlando, Valerio;Bell, Ian;Gao, Hui;Dumais, Jacqueline;Kapranov, Philipp;Wang, Huaien;Davis, Carrie A.;Gingeras, Thomas R.;Kawai, Jun;Daub, Carsten O.;Hayashizaki, Yoshihide;Gustincich, Stefano;Carninci, Piero
大规模测序项目揭示了哺乳动物转录本的起源、结构和功能的意想不到的复杂性。已知许多基因座产生重叠的编码和非编码RNA，这些RNA的5‘末端具有不同的大小。识别转录本5‘端的方法将有助于发现新的启动子和源自次级封顶事件的5’端。这种方法通常需要大量的RNA投入，这是从高度精制的样本中无法获得的，例如组织显微解剖和亚细胞部分。因此，我们开发了纳米笼(Cap分析基因表达)，一种从低至10毫微克的总RNA中捕获转录本5‘端的方法，以及CAGEcan，一种纳米笼的配对改编，捕获与下游区域相连的转录本5’端。这两种方法都允许进一步对复杂的人类转录组进行注释不可知的研究。
Large-scale sequencing projects have revealed an unexpected complexity in the origins, structures and functions of mammalian transcripts. Many loci are known to produce overlapping coding and non-coding RNAs with capped 5′ ends that vary in size. Methods that identify the 5′ ends of transcripts will facilitate the discovery of novel promoters and 5′ ends derived from secondary capping events. Such methods often require high input amounts of RNA not obtainable from highly refined samples such as tissue microdissections and subcellular fractions. Therefore, we have developed nanoCAGE (Cap Analysis of Gene Expression), a method that captures the 5′ ends of transcripts from as little as 10 nanograms of total RNA and CAGEscan, a mate-pair adaptation of nanoCAGE that captures the transcript 5′ ends linked to a downstream region. Both of these methods allow further annotation-agnostic studies of the complex human transcriptome.
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