LotuS: an efficient and user-friendly OTU processing pipeline.
LotuS: an efficient and user-friendly OTU processing pipeline.
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DOI：
10.1186/2049-2618-2-30
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发表时间：
2014-09-30
期刊：
影响因子：
15.5
通讯作者：
Raes J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hildebrand F;Tadeo R;Voigt AY;Bork P;Raes J
16 S核糖体DNA（rDNA）扩增子测序经常用于分析从海洋到人类微生物群的细菌群落结构。然而，计算能力仍然是分析不断扩大的宏基因组数据集的主要瓶颈。由于当前生物信息学工具的技术复杂性，分析变得更加复杂。在这里，我们提出了操作性较低的分类单位脚本（LotuS），这是一个快速且用户友好的开源工具，用于计算去噪，嵌合体检查，操作分类单位（OTU）。这些是从多路复用的下一代测序数据（454，illumina MiSeq和HiSeq）生成分类丰度表和系统发育树的基础。LotuS的执行速度非常出色，因为它可以处理16 S rDNA数据，比其他现有管道快两个数量级。这在一定程度上是由于包含了一个独立的快速同步解复用器和质量过滤器C++程序，简单解复用器（sdm），它与LotuS一起打包。此外，我们对两个MiSeq运行进行了测序，旨在通过对40个技术重复进行测序来验证未来的管道;这些在本工作中可用。我们表明，LotuS分析微生物16 S数据的结果与现有管道相当甚至更好，只需要一小部分执行时间，并提供最先进的去噪和系统发育重建。LotuS可通过以下URL获得：http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus。
16S ribosomal DNA (rDNA) amplicon sequencing is frequently used to analyse the structure of bacterial communities from oceans to the human microbiota. However, computational power is still a major bottleneck in the analysis of continuously enlarging metagenomic data sets. Analysis is further complicated by the technical complexity of current bioinformatics tools. Here we present the less operational taxonomic units scripts (LotuS), a fast and user-friendly open-source tool to calculate denoised, chimera-checked, operational taxonomic units (OTUs). These are the basis to generate taxonomic abundance tables and phylogenetic trees from multiplexed, next-generation sequencing data (454, illumina MiSeq and HiSeq). LotuS is outstanding in its execution speed, as it can process 16S rDNA data up to two orders of magnitude faster than other existing pipelines. This is partly due to an included stand-alone fast simultaneous demultiplexer and quality filter C++ program, simple demultiplexer (sdm), which comes packaged with LotuS. Additionally, we sequenced two MiSeq runs with the intent to validate future pipelines by sequencing 40 technical replicates; these are made available in this work. We show that LotuS analyses microbial 16S data with comparable or even better results than existing pipelines, requiring a fraction of the execution time and providing state-of-the-art denoising and phylogenetic reconstruction. LotuS is available through the following URL: http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus.
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