Detection of human, porcine and canine picornaviruses in municipal sewage sludge using pan-enterovirus amplicon-based long-read Illumina sequencing.
Detection of human, porcine and canine picornaviruses in municipal sewage sludge using pan-enterovirus amplicon-based long-read Illumina sequencing.
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DOI：
10.1080/22221751.2022.2071173
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发表时间：
2022-12
影响因子：
13.2
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
我们描述了使用基于泛肠道病毒扩增子的长读Illumina测序成功检测来自美国肯塔基州路易斯维尔的污水污泥（在每个处理阶段）中的人、猪和犬小核糖核酸病毒（CanPV）。基于GenBank中公开的序列数据，这是美国首次检测到CanPV，也是全球首次使用基于废水的流行病学检测。我们的研究结果还表明，在美国可能存在地方性猪肠道病毒（已被证明能够引起猪的全身感染）的集群，这些病毒已经有大约二十年没有被采样了。我们的研究结果强调了WBE结合基于扩增子的长读序Illumina测序用于病毒监测的价值，并证明了这种方法可以提供一种支持“一个健康”模型进行病毒监测的途径。最后，我们描述了一种新的CanPV检测靶向衣壳蛋白基因区域，可以在全球范围内使用，特别是在资源有限的设置，其检测和分子流行病学。
We describe the successful detection of human, porcine and canine picornaviruses (CanPV) in sewage sludge (at each stage of treatment) from Louisville, Kentucky, USA, using Pan-enterovirus amplicon-based long-read Illumina sequencing. Based on publicly available sequence data in GenBank, this is the first detection of CanPV in the USA and the first detection globally using wastewater-based epidemiology. Our findings also suggest there might be clusters of endemic porcine enterovirus (which have been shown capable of causing systemic infection in porcine) circulation in the USA that have not been sampled for around two decades. Our findings highlight the value of WBE coupled with amplicon based long-read Illumina sequencing for virus surveillance and demonstrates this approach can provide an avenue that supports a “One Health” model to virus surveillance. Finally, we describe a new CanPV assay targeting the capsid protein gene region that can be used globally, especially in resource limited settings for its detection and molecular epidemiology.
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基于废水的流行病学和长读长测序，以识别 2020 年 6 月至 10 月美国西南部亚利桑那州马里科帕县三个城市的肠道病毒循环。
DOI：
10.3390/v13091803
发表时间：
2021-09-10
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Faleye TOC;Bowes DA;Driver EM;Adhikari S;Adams D;Varsani A;Halden RU;Scotch M
通讯作者：
Scotch M
影响因子：
5
作者：
Li, Chuanfeng;Li, Yeqiu;Wang, Yong
通讯作者：
Wang, Yong
影响因子：
4.6
作者：
Ramesh A;Bailey ES;Ahyong V;Langelier C;Phelps M;Neff N;Sit R;Tato C;DeRisi JL;Greer AG;Gray GC
通讯作者：
Gray GC
DOI：
10.1093/infdis/jiu384
发表时间：
2014-11-01
期刊：
The Journal of infectious diseases
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.4
作者：
Manor, Y;Handsher, R;Mendelson, E
通讯作者：
Mendelson, E