High-throughput methodology to identify CRISPR-generated Danio rerio mutants using fragment analysis with unmodified PCR products.
High-throughput methodology to identify CRISPR-generated Danio rerio mutants using fragment analysis with unmodified PCR products.
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DOI：
10.1016/j.ydbio.2022.02.003
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发表时间：
2022-04
影响因子：
2.7
通讯作者：
Stratman, Amber N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Colijn, Sarah;Yin, Ying;Stratman, Amber N.
斑马鱼、果蝇和C.多年来，通过CRISPR技术，秀丽线虫已经得到了显着改善。CRISPR使研究人员能够通过在体内诱导小的靶向突变来有效地检查细胞通路。虽然这些突变通常是随机插入或缺失（indel），但如果CRISPR组件被适当设计，它们通常会导致靶基因的功能破坏等位基因。然而，目前用于鉴定CRISPR生成的插入缺失的存在的方案通常是劳动密集型的、耗时的或昂贵的。在这里，我们描述了一个简单的，高通量的方法，通过使用片段分析仪平台，允许通过高分辨率毛细管凝胶电泳的DNA片段大小确定突变的存在。根据该方案，可以快速可靠地鉴定小插入缺失（低至2个碱基对），从而允许对新产生的或稳定的突变株系进行大规模基因分型。
Targeted mutagenesis in zebrafish, fruit flies, and C. elegans has been significantly improved over the years through CRISPR technology. CRISPR enables researchers to efficiently examine cellular pathways by inducing small, targeted mutations in vivo. Though these mutations are commonly random insertions or deletions (indels), they often result in functionally disrupted alleles of a target gene if the CRISPR components are appropriately designed. However, current protocols used to identify the presence of CRISPR-generated indels are often labor intensive, time-consuming, or expensive. Here, we describe a straightforward, high-throughput method for identifying the presence of mutations by using a fragment analyzer platform which allows for DNA fragment sizing through high-resolution capillary gel-electrophoresis. Following this protocol, small indels—down to 2 base pairs—can be quickly and reliably identified, thus allowing for large-scale genotyping of newly-generated or stable mutant lines.
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影响因子：
2.5
作者：
Parant, John M.;George, Stephen A.;Pryor, Rob;Wittwer, Carl T.;Yost, H. Joseph
通讯作者：
Yost, H. Joseph
影响因子：
13.6
作者：
Cao, Ying;Park, Alice;Sun, Zhaoxia
通讯作者：
Sun, Zhaoxia
影响因子：
3.7
作者：
Li J;Sun Z
通讯作者：
Sun Z
影响因子：
14.9
作者：
Brinkman EK;Chen T;Amendola M;van Steensel B
通讯作者：
van Steensel B
DOI：
10.1016/j.ymeth.2018.06.014
发表时间：
2018-11-01
期刊：
Methods (San Diego, Calif.)
影响因子：
--
作者：
Fernandez JP;Vejnar CE;Giraldez AJ;Rouet R;Moreno-Mateos MA
通讯作者：
Moreno-Mateos MA