Universal internucleotide statistics in full genomes: a footprint of the DNA structure and packaging?
Universal internucleotide statistics in full genomes: a footprint of the DNA structure and packaging?
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DOI：
10.1371/journal.pone.0112534
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bunde A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bogachev MI;Kayumov AR;Bunde A
揭示控制复杂DNA结构组织的基本规律仍然具有挑战性，并且主要基于初级核苷酸序列的重建。本文研究了古生菌、细菌、智人等多种生物全基因组中核苷酸间间隔的分布及其持久性，旨在揭示普遍DNA结构的表现。我们发现，在所有被考虑的生物体中，核苷酸间隔分布表现出相同的指数形式。在原核生物中，单指数函数最适合，而在真核生物中，PDF还包含第二个指数函数，在人类基因组中，它在近10年的时间里取得了完美的近似。我们认为这种功能形式是异质DNA结构的足迹，其中第一个指数反映了在原和真核DNA中出现的普遍螺旋间距，而第二个指数是大规模真核DNA组织的特定标记。
Uncovering the fundamental laws that govern the complex DNA structural organization remains challenging and is largely based upon reconstructions from the primary nucleotide sequences. Here we investigate the distributions of the internucleotide intervals and their persistence properties in complete genomes of various organisms from Archaea and Bacteria to H. Sapiens aiming to reveal the manifestation of the universal DNA architecture. We find that in all considered organisms the internucleotide interval distributions exhibit the same -exponential form. While in prokaryotes a single -exponential function makes the best fit, in eukaryotes the PDF contains additionally a second -exponential, which in the human genome makes a perfect approximation over nearly 10 decades. We suggest that this functional form is a footprint of the heterogeneous DNA structure, where the first -exponential reflects the universal helical pitch that appears both in pro- and eukaryotic DNA, while the second -exponential is a specific marker of the large-scale eukaryotic DNA organization.
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影响因子：
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作者：
Pandita TK;Richardson C
通讯作者：
Richardson C
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作者：
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通讯作者：
Thermes, C
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作者：
Felsenfeld, G;Groudine, M
通讯作者：
Groudine, M
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作者：
Bogachev, Mikhail I.;Eichner, Jan F.;Bunde, Armin
通讯作者：
Bunde, Armin
DOI：
10.1209/0295-5075/23/5/012
发表时间：
1993-08-10
期刊：
EUROPHYSICS LETTERS
影响因子：
--
作者：
GROSBERG, A;RABIN, Y;NEER, A
通讯作者：
NEER, A