The complete chloroplast genome sequence of Michelia balansae var. balansae (Aug. Candolle) Dandy, a timber and spices species in Magnoliaceae.
The complete chloroplast genome sequence of Michelia balansae var. balansae (Aug. Candolle) Dandy, a timber and spices species in Magnoliaceae.
复制标题
含笑 var. 叶绿体基因组完整序列。
DOI：
10.1080/23802359.2021.1872427
复制
发表时间：
2021-02-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhu YF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sima YK;Wu T;Chen SY;Ma HF;Hao JB;Fu YP;Zhu YF
摘要白玉兰（Michelia balansae var. balansae, Aug. Candolle）是木兰科的一种木材和香料树种，原产于中国和越南。本文报道了木兰科植物叶绿体全基因组（cpDNA）和基本注释信息，并分析了其与其他植物的系统发育关系。balansae var. balansae叶绿体基因组大小为160134 bp，具有典型的四分体结构，包括88,161 bp的大单拷贝（LSC）区和18845 bp的小单拷贝（SSC）区，由26,564 bp的一对相同的反向重复区（IRs）分隔。叶绿体基因组包含131个基因，包括86个蛋白质编码基因（PCGs）、37个转移RNA （tRNA）基因和8个核糖体RNA （rRNA）基因。系统发育分析表明，蜜莲变种与蒙大纳蜜莲的亲缘关系最为密切，与其他14种蜜莲属植物形成一个无系统类群。这个含笑枝是高支撑力的芳香枝的姐妹枝。本分析中所提到的所有属都是司马和吕所划分的木兰科系统下的无系属。
Abstract Michelia balansae var. balansae (Aug. Candolle) Dandy is a timber and spices species in Magnoliaceae, native to China and Vietnam. In this paper, the complete chloroplast genome (cpDNA) and basic annotated information were reported and its phylogenetic relationship with other species in Magnoliaceae was analyzed. The size of chloroplast genome of M. balansae var. balansae is 160,134 bp, which exhibited a typical quadripartite structure comprising a large single-copy (LSC) region of 88,161 bp and a small single-copy (SSC) region of 18,845 bp separated by a pair identical inverted repeat regions (IRs) of 26,564 bp each. The chloroplast genome contains 131 genes, including 86 protein-coding genes (PCGs), 37 transfer RNA (tRNA) genes and 8 ribosomal RNA (rRNA) genes. The phylogenetic analysis indicated that M. balansae var. balansae is most affinal to M. montana and they form a nomophyletic group with other 14 Michelia species. This Michelia clade is sister to the Aromadendron clade with high support. All genera mentioned in this analysis are nomophyletic under the system of Magnoliaceae by Sima and Lu.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Shi, Linchun;Chen, Haimei;Liu, Chang
通讯作者：
Liu, Chang
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts199
发表时间：
2012-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kearse M;Moir R;Wilson A;Stones-Havas S;Cheung M;Sturrock S;Buxton S;Cooper A;Markowitz S;Duran C;Thierer T;Ashton B;Meintjes P;Drummond A
通讯作者：
Drummond A
中国珍稀特有种长叶木莲叶绿体基因组全序列
DOI：
10.1080/23802359.2020.1791758
发表时间：
2020-07-15
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Luo W;Li Z;Sima Y;Xu T
通讯作者：
Xu T
影响因子：
6.5
作者：
Ayres DL;Darling A;Zwickl DJ;Beerli P;Holder MT;Lewis PO;Huelsenbeck JP;Ronquist F;Swofford DL;Cummings MP;Rambaut A;Suchard MA
通讯作者：
Suchard MA