Tumour heterogeneity and intercellular networks of nasopharyngeal carcinoma at single cell resolution.
Tumour heterogeneity and intercellular networks of nasopharyngeal carcinoma at single cell resolution.
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DOI：
10.1038/s41467-021-21043-4
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发表时间：
2021-02-02
影响因子：
16.6
通讯作者：
Bei JX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu Y;He S;Wang XL;Peng W;Chen QY;Chi DM;Chen JR;Han BW;Lin GW;Li YQ;Wang QY;Peng RJ;Wei PP;Guo X;Li B;Xia X;Mai HQ;Hu XD;Zhang Z;Zeng YX;Bei JX
鼻咽癌(NPC)不同治疗反应背后的肿瘤微环境(TME)异质性仍不清楚。在这里，我们使用单细胞转录组和T细胞受体测序相结合的方法，对10对鼻咽癌肿瘤-血液中的176,447个细胞进行了分析。我们的分析揭示了53种细胞亚型，包括肿瘤浸润性CD8+T、调节性T(Treg)和树突状细胞(DC)，以及具有不同EB病毒感染状态的恶性细胞。轨迹分析显示，肿瘤中耗竭的CD8+T细胞和免疫抑制的TNFRSF4+Treg细胞可能分别来自外周血CX3CR1+CD8+T细胞和幼稚Treg细胞。此外，我们鉴定了免疫调节性和耐受性LAMP3+DC。值得注意的是，我们观察到LAMP3+DC、Treg、耗尽的CD8+T细胞和恶性细胞之间强烈的细胞间相互作用，这表明潜在的交叉对话可能为TME培养免疫抑制的利基。总之，我们的研究揭示了鼻咽癌中TME在单细胞分辨率下的异质性和相互作用的分子，这为鼻咽癌进展的机制和鼻咽癌精确治疗的发展提供了洞察力。鼻咽癌是一种以微环境异质性为特征的多种多样的癌症。在这里，作者使用单细胞测序分析了10例鼻咽癌肿瘤的微环境，并鉴定了不同的细胞类型，包括免疫抑制T调节性、耐受性树突状细胞和耗尽的CD8T细胞。
The heterogeneous nature of tumour microenvironment (TME) underlying diverse treatment responses remains unclear in nasopharyngeal carcinoma (NPC). Here, we profile 176,447 cells from 10 NPC tumour-blood pairs, using single-cell transcriptome coupled with T cell receptor sequencing. Our analyses reveal 53 cell subtypes, including tumour-infiltrating CD8+ T, regulatory T (Treg), and dendritic cells (DCs), as well as malignant cells with different Epstein-Barr virus infection status. Trajectory analyses reveal exhausted CD8+ T and immune-suppressive TNFRSF4+ Treg cells in tumours might derive from peripheral CX3CR1+CD8+ T and naïve Treg cells, respectively. Moreover, we identify immune-regulatory and tolerogenic LAMP3+ DCs. Noteworthily, we observe intensive inter-cell interactions among LAMP3+ DCs, Treg, exhausted CD8+ T, and malignant cells, suggesting potential cross-talks to foster an immune-suppressive niche for the TME. Collectively, our study uncovers the heterogeneity and interacting molecules of the TME in NPC at single-cell resolution, which provide insights into the mechanisms underlying NPC progression and the development of precise therapies for NPC. Nasopharyngeal carcinoma is a diverse cancer characterised by a heterogeneous microenvironment. Here, the authors use single cell sequencing to analyse the tumour microenvironment in 10 nasopharyngeal carcinoma tumours and identify different cell types including immune-suppressive T regulatory, tolerogenic dendritic, and exhausted CD8 T cells.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.2174/1872214811307020006
发表时间：
2013-01-01
期刊：
RECENT PATENTS ON ENDOCRINE METABOLIC & IMMUNE DRUG DISCOVERY
影响因子：
--
作者：
Fujihara, Shintaro;Mori, Hirohito;Masaki, Tsutomu
通讯作者：
Masaki, Tsutomu
影响因子：
45.3
作者：
Hsu, Chiun;Lee, Se-Hoon;Hansen, Aaron R.
通讯作者：
Hansen, Aaron R.
影响因子：
7.8
作者：
Chaudhary B;Elkord E
通讯作者：
Elkord E