Direct quantification of 3' terminal 2'-O-methylation of small RNAs by RT-qPCR.
Direct quantification of 3' terminal 2'-O-methylation of small RNAs by RT-qPCR.
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通过 RT-qPCR 直接定量小 RNA 的 3-末端 2-O-甲基化
DOI：
10.1261/rna.065144.117
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发表时间：
2018-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zen K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang N;Qu S;Sun W;Zeng Z;Liang H;Zhang CY;Chen X;Zen K
核苷酸的修饰显著增加了功能核酸的多样性。核糖核苷酸2′-羟基甲基化（2′-O-methylation）是RNA最常见的修饰之一，在真核生物中广泛存在。然而，由于缺乏一种有效的方法来定量小RNA 3′末端2′-O-甲基化，难以监测3′末端2′-O-甲基化在各种生物过程中的动态变化。基于RNA 3′末端2′-O-甲基化可以抑制poly（A）聚合酶（一种可以将poly（A）-tail添加到RNA的酶）的活性的发现，我们开发了一种方法，通过该方法可以基于poly（A）-tailed RT-qPCR技术直接定量小RNA（如microRNA（miRNAs）和Piwi相互作用RNA（piRNAs））的2′-O-甲基化水平。利用该方法，我们成功地检测了拟南芥和小鼠肺组织中miRNAs的2′-O-甲基化水平，以及人精浆中皮尔纳的甲基化水平，并监测了敲除果蝇甲基转移酶蛋白Hua增强子1（DmHen-1）后果蝇Schneider 2细胞中miRNAs 2′-O-甲基化水平的变化。
Modification of nucleotides significantly increases the diversity of functional nucleic acids. As one of the most common modifications of RNAs, methylation of the 2′-hydroxyl-group of ribonucleotides (2′-O-methylation) has been found in various RNAs in eukaryotes. However, due to the lack of an efficient method for quantifying small RNA 3′ terminal 2′-O-methylation, it is difficult to monitor the dynamic change of 3′ terminal 2′-O-methylation during various biological processes. Capitalizing on the finding that 3′ terminal RNA 2′-O-methylation can inhibit the activity of poly(A) polymerase, an enzyme that can add the poly(A)-tail to RNA, we develop a method by which the 2′-O-methylation level of small RNAs, such as microRNAs (miRNAs) and Piwi-interacting RNAs (piRNAs), can be directly quantified based on the poly(A)-tailed RT-qPCR technique. With this method, we successfully determine the 2′-O-methylation level of miRNAs in Arabidopsis thaliana and mouse lung tissue, piRNA in human seminal plasma, and monitor the alteration of miRNA 2′-O-methylation in Drosophila Schneider 2 cells after knockdown of Drosophila methyltransferase protein Hua enhancer 1 (DmHen-1).
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