Visualization of comparative genomic analyses by BLAST score ratio.
Visualization of comparative genomic analyses by BLAST score ratio.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2105-6-2
复制
发表时间：
2005-01-05
影响因子：
3
通讯作者：
Ravel J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rasko DA;Myers GS;Ravel J
第一个微生物基因组序列——流感嗜血杆菌，于 1995 年发表。此后，已有 400 多个微生物基因组序列完成或开始。大量数据的涌入提供了通过比较基因组学获得生物学见解的机会。然而，很少有工具可用于这种规模的比较分析。在 Perl 脚本中实现的 BLAST 得分比 (BSR) 方法使用基于 BLAST 得分比的相似性度量对三个基因组内的所有假定肽进行分类。 BSR 分析的输出可以实现所有三个基因组之间蛋白质组相似程度的全局可视化。额外的输出可以评估每个基因组对之间的基因组同线性（保守基因顺序）。此外，我们通过将 BSR 数据叠加为颜色维度来扩展这种同线性分析，从而能够可视化所比较的肽的相似程度。结合相似性、同线性和注释的程度将允许快速识别保守的基因组区域以及许多常见的基因组重排，例如插入、缺失和倒位。脚本和示例可视化可在以下位置获取： 。
The first microbial genome sequence, Haemophilus influenzae, was published in 1995. Since then, more than 400 microbial genome sequences have been completed or commenced. This massive influx of data provides the opportunity to obtain biological insights through comparative genomics. However few tools are available for this scale of comparative analysis. The BLAST Score Ratio (BSR) approach, implemented in a Perl script, classifies all putative peptides within three genomes using a measure of similarity based on the ratio of BLAST scores. The output of the BSR analysis enables global visualization of the degree of proteome similarity between all three genomes. Additional output enables the genomic synteny (conserved gene order) between each genome pair to be assessed. Furthermore, we extend this synteny analysis by overlaying BSR data as a color dimension, enabling visualization of the degree of similarity of the peptides being compared. Combining the degree of similarity, synteny and annotation will allow rapid identification of conserved genomic regions as well as a number of common genomic rearrangements such as insertions, deletions and inversions. The script and example visualizations are available at: .
登录
查看更多内容
影响因子：
56.9
作者：
FLEISCHMANN, RD;ADAMS, MD;VENTER, JC
通讯作者：
VENTER, JC
影响因子：
5.8
作者：
Parkinson, J;Blaxter, M
通讯作者：
Blaxter, M
DOI：
10.1073/pnas.0402414101
发表时间：
2004-06-01
影响因子：
11.1
作者：
Hoffmaster, AR;Ravel, J;Fraser, CM
通讯作者：
Fraser, CM
影响因子：
14.9
作者：
Nelson, KE;Fouts, DE;Fraser, CM
通讯作者：
Fraser, CM
影响因子：
14.9
作者：
Altschul, SF;Madden, TL;Lipman, DJ
通讯作者：
Lipman, DJ