SmGDB: genome database of Salvia miltiorrhiza, an important TCM Plant
SmGDB: genome database of Salvia miltiorrhiza, an important TCM Plant
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SmGDB：重要中药植物丹参基因组数据库
DOI：
10.1007/s13258-022-01251-y
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发表时间：
2022-04
期刊：
影响因子：
2.1
通讯作者：
Zhenqiao Song
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Changhao Zhou;Caicai Lin;Piyi Xing;Xingfeng Li;Zhenqiao Song
背景：丹参是一种重要的中药植物，是中药遗传研究的模式植物。与丹参相关的组学研究已陆续发表。数据的整合、管理、存储和共享已成为丹参遗传研究中亟待解决的问题。目标：基因组数据库是数据生产者和用户之间交换、获取和使用不同组学数据的纽带，最大限度地提高数据的价值和利用率。方法：基因组数据库包括DSS3基因组和5个RNA-Seq数据。后端通过LAMP （Linux、Apache、MySQL、PHP）框架执行数据搜索和检索。结果：本研究结合本研究小组未发表的3个RNA-Seq数据和2个已发布的RNA-Seq数据，构建了SmGDB （S. miltiorrhiza genome database; http://8.140.162.85/）数据库，该数据库包含了最新版本的丹参基因组序列和注释数据。我们还根据基因组序列和表达数据确定了一个新的基因簇，其中包括7个参与丹参酮合成途径的CYP71D基因。此外，SmGDB还提供了用户友好的web界面，可以查询和浏览相关基因的基因注释、结构、位置和表达谱。流行的生物信息学工具，如“BLAST”、“Search”、“Heatmap”、“JBrowse”等也在SmGDB中提供。结论：SmGDB将为表征丹参基因组结构和更好地了解丹参复杂次生代谢的基因功能和生物学过程提供实用工具。
Background:Salvia miltiorrhiza is an important traditional Chinese medicinal (TCM) plant and a model plant in the genetic study of TCM. A series of omics related to Danshen have been published. Integrating, managing, storing, and sharing data has become an urgent problem to be solved in S. miltiorrhiza genetic studies.Objectives:The genome database is the link for the exchange, acquisition, and use of different omics data between data producers and users, maximizing value and utilization of data.Methods:The genome database included DSS3 genome and five RNA-Seq data. The back-end performs data search and retrieval through the LAMP (Linux, Apache, MySQL, PHP) framework.Results:Here, we present SmGDB (S. miltiorrhiza genome database; http://8.140.162.85/ ), which houses the latest version of genome sequence and annotation data for S. miltiorrhiza, combining three unpublished RNA-Seq data from our group and two released RNA-Seq data. We also identified a novel gene cluster including seven CYP71D genes involved in the tanshinone synthesis pathway based on genome sequences and expression data. Besides, SmGDB provides user-friendly web interfaces for querying and browsing gene annotation, structure, location, and expression profiles for concerned genes. Popular bioinformatics tools such as 'BLAST', 'Search', 'Heatmap', 'JBrowse', etc., were also provided in SmGDB.Conclusions:SmGDB will provide utility for characterizing the structure of the S. miltiorrhiza genome and better understanding gene functions and biological processes underlying complex secondary metabolism in Danshen.
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影响因子：
12.3
作者：
Alaux M;Rogers J;Letellier T;Flores R;Alfama F;Pommier C;Mohellibi N;Durand S;Kimmel E;Michotey C;Guerche C;Loaec M;Lainé M;Steinbach D;Choulet F;Rimbert H;Leroy P;Guilhot N;Salse J;Feuillet C;International Wheat Genome Sequencing Consortium;Paux E;Eversole K;Adam-Blondon AF;Quesneville H
通讯作者：
Quesneville H
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12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
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