The PRIDE database and related tools and resources in 2019: improving support for quantification data.
The PRIDE database and related tools and resources in 2019: improving support for quantification data.
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DOI：
10.1093/nar/gky1106
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Vizcaíno JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Perez-Riverol Y;Csordas A;Bai J;Bernal-Llinares M;Hewapathirana S;Kundu DJ;Inuganti A;Griss J;Mayer G;Eisenacher M;Pérez E;Uszkoreit J;Pfeuffer J;Sachsenberg T;Yilmaz S;Tiwary S;Cox J;Audain E;Walzer M;Jarnuczak AF;Ternent T;Brazma A;Vizcaíno JA
PROteomics IDentifications (PRIDE) 数据库 (https://www.ebi.ac.uk/pride/) 是世界上最大的基于质谱的蛋白质组数据数据库，也是全球 ProteomeXchange (PX) 联盟的创始成员之一。在这篇手稿中，我们总结了自 2016 年在 Nucleic Acids Research 上发表上一篇更新手稿以来 PRIDE 资源和相关工具的发展。在过去 3 年中，通过 PRIDE（作为 PX 的一部分）共享公共数据无疑已成为该领域的常态。与此同时，公共蛋白质组学数据的数据重复利用也大大增加，具有多种应用。我们首先描述 PRIDE Archive 的新架构，它是 PRIDE 的归档组件。 PRIDE Archive和相关数据提交框架得到了进一步开发，以支持提交数据量和附加数据类型的增加。作为正在进行的流程的一部分，已经实施了新的可扩展且容错的存储后端、应用程序编程接口和 Web 界面。此外，我们强调通过 mzTab 格式改进对定量蛋白质组学数据的支持。最后，我们概述了当前数据内容和下载量的关键统计数据，以及 PRIDE 数据如何开始传播到 Ensembl、UniProt 和 Expression Atlas 等增值资源。
The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database (https://www.ebi.ac.uk/pride/) is the world’s largest data repository of mass spectrometry-based proteomics data, and is one of the founding members of the global ProteomeXchange (PX) consortium. In this manuscript, we summarize the developments in PRIDE resources and related tools since the previous update manuscript was published in Nucleic Acids Research in 2016. In the last 3 years, public data sharing through PRIDE (as part of PX) has definitely become the norm in the field. In parallel, data re-use of public proteomics data has increased enormously, with multiple applications. We first describe the new architecture of PRIDE Archive, the archival component of PRIDE. PRIDE Archive and the related data submission framework have been further developed to support the increase in submitted data volumes and additional data types. A new scalable and fault tolerant storage backend, Application Programming Interface and web interface have been implemented, as a part of an ongoing process. Additionally, we emphasize the improved support for quantitative proteomics data through the mzTab format. At last, we outline key statistics on the current data contents and volume of downloads, and how PRIDE data are starting to be disseminated to added-value resources including Ensembl, UniProt and Expression Atlas.
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影响因子：
3.4
作者：
Perez-Riverol Y;Vizcaíno JA;Griss J
通讯作者：
Griss J
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
发表时间：
2017-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv250
发表时间：
2015-09-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Perez-Riverol Y;Uszkoreit J;Sanchez A;Ternent T;Del Toro N;Hermjakob H;Vizcaíno JA;Wang R
通讯作者：
Wang R
影响因子：
14.9
作者：
Okuda S;Watanabe Y;Moriya Y;Kawano S;Yamamoto T;Matsumoto M;Takami T;Kobayashi D;Araki N;Yoshizawa AC;Tabata T;Sugiyama N;Goto S;Ishihama Y
通讯作者：
Ishihama Y
影响因子：
14.9
作者：
Deutsch EW;Csordas A;Sun Z;Jarnuczak A;Perez-Riverol Y;Ternent T;Campbell DS;Bernal-Llinares M;Okuda S;Kawano S;Moritz RL;Carver JJ;Wang M;Ishihama Y;Bandeira N;Hermjakob H;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA