REDfly v3.0: toward a comprehensive database of transcriptional regulatory elements in Drosophila.
REDfly v3.0: toward a comprehensive database of transcriptional regulatory elements in Drosophila.
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DOI：
10.1093/nar/gkq999
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Halfon MS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gallo SM;Gerrard DT;Miner D;Simich M;Des Soye B;Bergman CM;Halfon MS
果蝇转录顺式调控元件的REDfly数据库为后生动物中经过实验验证的顺式调控模块和转录因子结合位点提供了最广泛和最全面的可用资源。该数据库的第三个主要版本扩展了REDfly作为转录调控的计算和实验研究的强大工具的实用性。REDfly v3.0包括引入新的数据类别，以扩展数据库中注释的调控元件类型，同时记录数量增加了约40%。一个完全重新设计的界面改善了普通用户和高级用户的访问；除其他功能外，它现在自动提供基因组的图形视图，显示报告基因表达的图像，并实现了改进的数据库搜索和结果过滤能力。REDfly可在http://redfly.ccr.buffalo.edu免费访问。
The REDfly database of Drosophila transcriptional cis-regulatory elements provides the broadest and most comprehensive available resource for experimentally validated cis-regulatory modules and transcription factor binding sites among the metazoa. The third major release of the database extends the utility of REDfly as a powerful tool for both computational and experimental studies of transcription regulation. REDfly v3.0 includes the introduction of new data classes to expand the types of regulatory elements annotated in the database along with a roughly 40% increase in the number of records. A completely redesigned interface improves access for casual and power users alike; among other features it now automatically provides graphical views of the genome, displays images of reporter gene expression and implements improved capabilities for database searching and results filtering. REDfly is freely accessible at http://redfly.ccr.buffalo.edu.
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Ensembl 2009。
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作者：
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通讯作者：
Halfon, MS