TRAVeLer: a tool for template-based RNA secondary structure visualization.
TRAVeLer: a tool for template-based RNA secondary structure visualization.
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DOI：
10.1186/s12859-017-1885-4
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发表时间：
2017-11-15
影响因子：
3
通讯作者：
Hoksza D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Elias R;Hoksza D
RNA二级结构的可视化是一项复杂的任务，特别是在预期布局很大程度上是习惯性的大型RNA结构的情况下，现有的可视化工具往往无法产生合适的可视化。这使我们产生了使用现有布局作为新rna可视化模板的想法，类似于模板在基于同源的结构预测中使用的方式。这篇文章介绍了Traveler，这是一个软件工具，可以使用一个足够相似的RNA结构的现有布局作为模板来可视化目标RNA二级结构。Traveler基于一种将目标和模板结构转换为相应的树表示的算法，并利用树编辑距离加上布局修改操作将模板布局转换为目标布局。Traveler因此接受一对二级结构和一个模板布局，并为目标结构输出一个布局。Traveler是一个命令行开源工具，能够在存在足够相似的布局的情况下快速生成即使是最大的RNA结构的布局。可以在http://github.com/davidhoksza/traveler上找到。本文的在线版本（doi:10.1186/s12859-017-1885-4）包含补充材料，可供授权用户使用。
Visualization of RNA secondary structures is a complex task, and, especially in the case of large RNA structures where the expected layout is largely habitual, the existing visualization tools often fail to produce suitable visualizations. This led us to the idea to use existing layouts as templates for the visualization of new RNAs similarly to how templates are used in homology-based structure prediction. This article introduces Traveler, a software tool enabling visualization of a target RNA secondary structure using an existing layout of a sufficiently similar RNA structure as a template. Traveler is based on an algorithm which converts the target and template structures into corresponding tree representations and utilizes tree edit distance coupled with layout modification operations to transform the template layout into the target one. Traveler thus accepts a pair of secondary structures and a template layout and outputs a layout for the target structure. Traveler is a command-line open source tool able to quickly generate layouts for even the largest RNA structures in the presence of a sufficiently similar layout. It is available at http://github.com/davidhoksza/traveler. The online version of this article (doi:10.1186/s12859-017-1885-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Volders PJ;Verheggen K;Menschaert G;Vandepoele K;Martens L;Vandesompele J;Mestdagh P
通讯作者：
Mestdagh P
影响因子：
2.5
作者：
Pawlik, Mateusz;Augsten, Nikolaus
通讯作者：
Augsten, Nikolaus
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
影响因子：
1.6
作者：
ZHANG, KZ;SHASHA, D
通讯作者：
SHASHA, D