PathExpress: a web-based tool to identify relevant pathways in gene expression data.
PathExpress: a web-based tool to identify relevant pathways in gene expression data.
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DOI：
10.1093/nar/gkm261
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Weiller G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goffard N;Weiller G
PathExpress是一种基于网络的工具，用于通过识别与基因子集（例如差异表达基因）相关的最相关代谢途径来解释从微阵列实验中获得的基因表达数据。一个图形化的途径表示允许可视化的表达基因的功能背景下。基于可公开访问的KEGG配体数据库，PathExpress可适用于任何生物，目前可用于7个Affyphase基因组阵列。每个阵列中约20%的探针组已通过同源关系分配到酶委员会编号，并与相应的代谢途径相关联。PathExpress可在http://bioinfoserver.rsbs.anu.edu.au/utils/PathExpress/上找到。
PathExpress is a web-based tool developed to interpret gene expression data obtained from microarray experiments by identifying the most relevant metabolic pathways associated with a subset of genes (e.g. differentially expressed genes). A graphical pathway representation permits the visualization of the expressed genes in a functional context. Based on the publicly accessible KEGG Ligand database, PathExpress can be adapted to any organism and is currently available for seven Affymetrix genome arrays. About 20% of the probe sets of each array have been assigned to Enzyme Commission numbers by homology relationship and linked to corresponding metabolic pathways. PathExpress is available at http://bioinfoserver.rsbs.anu.edu.au/utils/PathExpress/.
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